Описание тега fiji
Фиджи - это просто ImageJ. Это программа обработки изображений с открытым исходным кодом на основе Java, которая широко используется в научном анализе изображений, особенно в биологических науках. Этот тег следует использовать для вопросов о программировании на Фиджи.
1
ответ
Установить глобальную калибровку свойств в ImageJ/FIJI
Я хочу включить и отключить глобальную калибровку, чтобы полученное изображение сохраняло те же свойства, что и исходное изображение, но у меня возникли некоторые трудности с его настройкой. Чтобы остановить отображение FIJI ошибки при открытии след…
16 янв '18 в 11:29
1
ответ
System.getProperty("plugins.dir") возвращает ноль
Я пытаюсь запустить проект imageJ в Eclipse, но во время выполнения проекта я получаю "нулевое" значение при печати этого "System.getProperty (" plugins.dir ")" в моей консоли, я уже включил imageJ jar (ij.jar) но все равно получаю эту ошибку.
29 май '17 в 04:19
0
ответов
imageJ: Как я могу получить координаты пикселей с определенным значением?
Я новичок в кодировании, и я пытаюсь заставить что-то работать в imageJ/FIJI, используя JavaScript. Я хочу выбрать пиксели со значением 255, а затем поместить их координаты в файл CSV. Я могу сделать файл CSV, но в него ничего не вводится. Я приложи…
02 окт '17 в 16:32
1
ответ
Скрипт ImageJ: Как добавить одно изображение к существующему
На Фиджи (ImageJ) у меня открыты два изображения (Img1 и Img2). Я хочу запустить скрипт, который добавляет оба изображения и сохраняет результат в Img1. Я собираюсь сделать это в последовательности изображений, поэтому я хотел бы попытаться избежать…
04 янв '18 в 00:28
1
ответ
Как добиться цветовой карты Фиджи "HiLo" на графиках изображений matplotlib, чтобы пометить нижние и передержанные пиксели
Цветовые карты Matplotlib не предоставляют цветовую карту HiLo для изображений, которая часто используется в микроскопии. HiLo показывает градиент уровня серого от низких до высоких значений, но значения на нижнем конце отображаются синим цветом, а …
22 май '17 в 15:41
1
ответ
Как сохранить метаданные ImageJ TIFF с помощью Python
Я пытаюсь сохранить стек tiff с помощью tifffile и с помощью этого решения добавить теги и значения метаданных ImageJ tiff. Код выполняется без ошибок, но когда я открываю "информацию об изображении" в ImageJ, я не вижу созданный мной новый тег. Я д…
20 июн '18 в 12:42
1
ответ
weka.classifiers.neural.lvq Не найден
Где я могу найти lvq в weka dev 3.7.11 jar? Как при импорте этого weka.classifiers.neural.lvq, он показывает мне ошибку не найден.
29 июл '17 в 14:35
1
ответ
Результаты экспорта макроса imageJ в csv
Я пытаюсь запустить плагин Thunderstorm в ImageJ для всех файлов в папке. После того, как я выполню локализацию и получу результаты, я хочу экспортировать результаты в файл csv так, чтобы первая часть файла csv содержала имя изображения. Вот сценари…
18 июн '17 в 12:01
0
ответов
Объединить несколько ROI в один стек и измерить их как один
У меня есть несколько областей интереса в каждом стеке проекции, и я хотел бы измерить среднее значение серого, как если бы они автоматически составляли одну область интереса для каждого стека проекции. Спасибо
03 сен '18 в 14:46
1
ответ
Как стандартизировать преобразование в двоичные изображения с различной яркостью и контрастностью
Я работаю с образцами микроскопии, которые имеют "сеть" темных линий. Я хочу преобразовать изображения в двоичное, чтобы отображались только темные участки, но я не уверен, как стандартизировать этот процесс. Изображения имеют различную яркость и ко…
22 май '17 в 15:34
0
ответов
echo() в MATLAB не будет выводить нужную информацию из класса Java
У меня есть скрипт анализа в MATLAB, который использует MIJI и плагин Java под названием TrackMate. Он инициализируется с помощью следующего сценария и открывает файл изображения для анализа. % add java paths and script folder javaaddpath '\mij.jar'…
02 ноя '18 в 00:44
3
ответа
Как создать выпуклую оболочку из всех бинарных пятен в ImageJ
У меня есть двоичное изображение разделенных пятен. Есть ли плагин ImageJ, который может построить выпуклую оболочку из всех пятен? Или вы могли бы порекомендовать другую программу, а не ImageJ, которая может сделать это?
06 мар '18 в 17:05
0
ответов
Как выровнять интенсивность на разных изображениях с помощью OpenCV (Python)
Я погуглил на это около дня. У меня есть 50 изображений, все показывают один и тот же фон. К сожалению, все они немного отличаются по яркости / интенсивности из-за небольших изменений в освещении во время получения изображения. Теперь я хочу выровня…
12 июн '18 в 08:32
1
ответ
Ошибка при запуске плагина в imageJ
Я использую версию imageJ (Фиджи): 2.0.0-rc-43/1.50e. Я установил IHC_Profiler ( https://sourceforge.net/projects/ihcprofiler/). И когда я запускаю его, он показывает консоль с этим: Compiling 1 file in /var/folders/k2/kdrnsbws5gz8vrt83yjmlbdm0000gn…
25 сен '16 в 16:53
0
ответов
Просмотрщик для очень больших наборов изображений
Я ищу зрителя, который может просматривать тысячи изображений выборочно. Например, у меня есть набор фотографий от 1 до 1000. Из-за масштаба фотографий (8 МБ на изображение) я хочу просматривать фотографии только 20-40. Это должно быть сделано с выб…
12 фев '18 в 09:14
1
ответ
Печать элементов массива по порядковому номеру в ImageJ (Фиджи)
Я пытаюсь выяснить, как я могу получить доступ к элементу в массиве по его номеру индекса. Я написал скрипт, который сгенерирует массив с некоторым количеством переменных. В архиве списка рассылки imageJ есть старый скрипт, который может печатать за…
11 янв '18 в 11:48
1
ответ
imageJ/FIJI: могу ли я добавить новый ROI в середине списка ROI менеджера ROI
У меня есть код, который обрабатывает сохраненные списки ROI в определенном порядке. Я пытаюсь вернуться и добавить ROI там, где они отсутствуют, но кажется, что они добавляются только в конец списка ROI в менеджере ROI. Есть ли способ добавить их в…
13 сен '17 в 18:22
1
ответ
Не могу "связать"SimpleITK::Show() с FIJI
Я бегу на Ubuntu. При вызове метода Show SimpleITK я не могу просмотреть такое изображение в моем окне FIJI ( ImageJ2). Учитывая, что FIJI является переносимым приложением, необходимо ли выполнить еще какой-то процесс, чтобы правильно связать метод …
04 апр '17 в 19:13
0
ответов
Анализ частиц из "Z Stacks" 2D изображений (Подсчет клеток в FIJI или Cellprofiler)
Я работаю с клетками человека в 3D матрицах. Я получаю изображения с помощью флуоресцентной микроскопии и беру "стопку z" (набор двумерных изображений, сделанных через равные промежутки времени в z) всей матрицы, чтобы я мог видеть все клетки. Для я…
16 авг '18 в 15:30
1
ответ
Умножение двух изображений вместе в ImageJ
Я хотел бы сделать некоторую обработку изображений в FIJI / ImageJ, но не знаю, как это сделать. У меня есть первое изображение, назовите его "imageA" и я хочу выполнить с ним несколько операций. Я знаю, что вы можете перейти к Process->Math и иметь…
07 дек '17 в 13:19