Описание тега imagej-macro
1
ответ
Объедините 3 стека в ImageJ
Есть ли способ "Stack Combine" 3 стека рядом. Image> Стеки> Инструменты> Объединить Поддерживает комбинацию 2 стеков, бок о бок. Два способа обойти это: Объедините первые 2, затем объедините объединенное изображение в третий стек Создайте макрос, ко…
29 ноя '16 в 18:01
1
ответ
Установить глобальную калибровку свойств в ImageJ/FIJI
Я хочу включить и отключить глобальную калибровку, чтобы полученное изображение сохраняло те же свойства, что и исходное изображение, но у меня возникли некоторые трудности с его настройкой. Чтобы остановить отображение FIJI ошибки при открытии след…
16 янв '18 в 11:29
2
ответа
Преобразование макроса ImageJ в плагин
У меня есть несколько концептуальный вопрос, поэтому извиняюсь за неконкретность. Я биолог и занимаюсь анализом изображений. Я работаю над публикацией методов, которая включает анализ изображений с ImageJ скрипт, который я разработал и анализ данных…
23 авг '17 в 19:47
1
ответ
Ошибка в пакетном объединении изображений (x.tif недопустим для "C2 (зеленый):")
Я хочу объединить два набора изображений флуоресцентного микроскопа в зелено-синее изображение, но у меня возникли проблемы с макросом (я ранее не использовал ImageJ). У меня есть папка с изображениями FITC зеленого цвета и папка с изображениями DAP…
20 апр '17 в 02:53
1
ответ
Установка различных порогов в зависимости от того, чем заканчивается имя файла в макросе ImageJ
У меня есть папка, содержащая много изображений. Они сгруппированы в наборы из трех изображений, где одно имя файла заканчивается dsRed).tifдругое имя файла заканчивается на FITC).tif а другое имя файла заканчивается DAPI).tif, Как я могу сказать Im…
15 дек '15 в 00:34
1
ответ
Применить формулу коррекции для каждого канала для 5D изображения
Я совершенно новичок в Groovy и имею только ограниченный опыт написания макросов ImageJ, так что это может быть действительно легко исправить, но здесь идет речь: У меня есть 5D гиперстек (3 канала, 3 среза, ~100 позиций сцены), которые страдают от …
23 янв '19 в 09:51
1
ответ
Био-форматное преобразование файла LIF с разделенным временным шагом и разделенным каналом (макрос ImageJ)
Я пытаюсь открыть файл LIF (формат Leica) с ImageJ в макросе. Файл LIF содержит 4 "серии LIF" с 52 или 45 временными шагами. Каждый временной шаг содержит 3 канала. filepath = "/mydirectory/myfile.lif"; out = "/mydirectory/myTIFF/"; run("Bio-Formats…
13 июл '16 в 14:06
1
ответ
Автоматизируйте задачи, используя макросы в изображениях, помещенных в папки и подпапки, используя ImageJ
Недавно я обнаружил макросы и то, как они могут удивительно облегчить мою жизнь, работая на Фиджи /ImageJ. Я создал этот макрос: run("Image Sequence...", "open=/home/mario/Desktop/prueba/1/Image-000002.tif"); selectWindow("1"); //setTool("rectangle"…
21 фев '18 в 15:26
1
ответ
Ярлыки на изображении J
Пытаясь вставить метку на изображение, я могу сделать это, а также манипулировать шрифтом и цветом метки, отображаемой на экране. Однако метка (в данном случае заголовок заголовка изображения) не отображается при сохранении изображения. Макро-фрагме…
08 дек '16 в 23:38
1
ответ
ImageJ "Недостаточно памяти" ошибка под крышкой памяти
Я работаю с плагином с интенсивным объемом памяти для imageJ в Linux, который я запускаю многократно через макрос. Плагин выполняет многовидовые деконволюции. Я увеличил максимальный объем доступной памяти до 180 ГБ (из имеющихся 188 ГБ) и запускаю …
20 янв '17 в 15:28
1
ответ
Как передать аргументы внутри функции в макросе imageJ?
Я хочу передать foldername в функцию run() и функцию save(), но они находятся в кавычках, и я не знаю, как передать имена переменных. Я сгенерировал функции run() и save(), используя команду записи в imageJ. Цель данной программы - автоматизировать …
13 фев '18 в 01:18
0
ответов
Макрос для анализа нескольких изображений в калькуляторе плюс
У меня есть набор изображений в папке с именами: 2 days.bmp 3 days.bmp ..... 28 days.bmp. Также у меня есть папка с фоновыми изображениями точно с такими же именами. Я хочу использовать калькулятор плюс и разделить каждое изображение на соответствую…
19 ноя '18 в 23:38
2
ответа
Я хочу использовать ImageJ для преобразования TIF в градациях серого в цветной TIF
У меня есть TIF, который был взят только с одним цветным каналом. Это показывает материал, который был зеленым или красным. Но в большинстве графических инструментов оно отображается только в оттенках серого. Я хочу превратить это обратно в цветное …
25 ноя '14 в 18:07
1
ответ
getResult() возвращает NaN для всего, кроме "Area"
Я пытаюсь получить центроида X а также Y значения из таблицы результатов, но я не могу использовать getResult() ни с чем, кроме "Area", Все остальные столбцы (которые регулярно отображаются в таблице) возвращаются NaN, Я не использую какой-либо спец…
01 мар '15 в 21:59
1
ответ
Макрос для пакетного экспорта ВИДЕО (.avi)
Большая часть кода ниже взята из шаблона ImageJ, и только последние 6 строк сделаны на заказ. Цель состоит в том, чтобы выбрать только определенные кадры в видео и экспортировать меньшее видео как.avi. Я хочу обработать это в пакетном режиме. Однако…
21 июн '16 в 00:03
1
ответ
Печать элементов массива по порядковому номеру в ImageJ (Фиджи)
Я пытаюсь выяснить, как я могу получить доступ к элементу в массиве по его номеру индекса. Я написал скрипт, который сгенерирует массив с некоторым количеством переменных. В архиве списка рассылки imageJ есть старый скрипт, который может печатать за…
11 янв '18 в 11:48
1
ответ
Проблемы с выбором после Bio Format Importer, czi и zvi Files, ImageJ
Здравствуйте, я использую ImageJ для анализа файлов -czi и -zvi. Я использую автоматический выбор с "создать выбор" или "анализировать частицы". Это хорошо работает при открытии / импорте файлов с ImageJ. Но когда я пытаюсь использовать плагин для и…
03 май '15 в 09:56
1
ответ
Эффективный способ сглаживания массива с фиксированным набором результатов
Допустим, у меня есть массив из 1000, состоящий только из значений 0,1,2,3. То, что я хочу сделать, это удалить нечетное значение в море других значений, например. 0,0,0,0,0,1,0,0,0,0 -> 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0. Простое скользящее среднее на самом деле …
26 май '17 в 08:29
0
ответов
ImageJ - Как извлечь координаты x y и z (серая шкала) из последовательности изображений
У меня есть последовательность изображений (приблизительно 600 изображений), из которой я хотел бы извлечь координаты x, y и флуоресценцию (z, шкалу серого) в ImageJ. "Анализировать -> Инструменты -> Сохранить координаты XY" идеально подходит и извл…
19 дек '18 в 10:52
1
ответ
Как усреднить все файлы в папке по макросу j изображения
Эй, я новичок в программировании в макросе ImageJ, я хотел бы усреднить все изображения в папке, сохранить это среднее изображение в отдельной папке
24 окт '17 в 13:34