Скрипт ImageJ: Как добавить одно изображение к существующему

Question

На Фиджи (ImageJ) у меня открыты два изображения (Img1 и Img2). Я хочу запустить скрипт, который добавляет оба изображения и сохраняет результат в Img1. Я собираюсь сделать это в последовательности изображений, поэтому я хотел бы попытаться избежать создания и закрытия многих изображений.

Будет ли это возможно? Я попробовал код ниже, но он вылетает, когда я вызываю второй Sum3and50.show() после первого AddSlice() вызов. В основном я хотел бы просто иметь возможность Sum3and50+=imp[Slice]

from __future__ import division
from ij import IJ
from ij import plugin
import time

def AddSlice(Stack,SumImg,Slice):
    Stack.setSlice(Slice)
    ic = plugin.ImageCalculator()
    SliceImg = ic.run("Copy create", Stack, Stack)
    SliceImg.show()
    time.sleep(SLEEP_TIME)  
    SumImg=ic.run("Add RGB", SumImg, SliceImg)
    return SumImg

SLEEP_TIME=1 #seconds    

#imp = IJ.getImage()
imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/flybrain.zip");
W,H,NCh,NSl,NFr = imp.getDimensions()
imp.show()
Sum3and50 = IJ.createImage("Sum3and50", "RGB black", W, H, 1)
Sum3and50.show()
time.sleep(SLEEP_TIME)  

Sum3and50 = AddSlice(imp,Sum3and50,3)
Sum3and50.show()
time.sleep(SLEEP_TIME)  

Sum3and50 = AddSlice(imp,Sum3and50,5)
Sum3and50.show()

Answer 1

Чтобы избежать появления окон, я стараюсь избегать плагинов и работать с ImageProcessor непосредственно. Такая функция, которая принимает сумму каждой пары пикселей двух изображений, перезаписывающих первый вход, будет выглядеть так:

def pixel_pair_sum(pro1, pro2):
    for x in range(pro1.getWidth()):
        for y in range(pro1.getHeight()):
            v1 = pro1.get(x, y)
            v2 = pro2.get(x, y)    
            pro1.set(x, y, v1 + v2)

pro1 а также pro1 являются ImageProcessorс [1]. Таким образом, вам нужно, чтобы получить их в первую очередь от ImagePlus перед вызовом функции выше:

...
sum3and50 = IJ.createImage("Sum3and50", "RGB black", W, H, 1)
p1 = sum3and50.getProcessor()

stk = imp.getStack()

p2 = stk.getProcessor(1) # get the processor for the first slice [2]
pixel_pair_sum(p1, p2) # add the pixel values of slice 1 to sum3and50

p2 = stk.getProcessor(2) # add another slice to sum3and50
pixel_pair_sum(p1, p2)
...
sum3and50.show()

для справки: https://imagej.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImageStack.html
[1] https://imagej.nih.gov/ij/developer/api/ij/process/ImageProcessor.html
[2] также см. https://imagej.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html