Анализ частиц из "Z Stacks" 2D изображений (Подсчет клеток в FIJI или Cellprofiler)
Я работаю с клетками человека в 3D матрицах. Я получаю изображения с помощью флуоресцентной микроскопии и беру "стопку z" (набор двумерных изображений, сделанных через равные промежутки времени в z) всей матрицы, чтобы я мог видеть все клетки.
Для ячеек, расположенных на одной поверхности / плоскости, в FIJI/Cellprofiler есть несколько плагинов для подсчета ячеек. Однако объединение стека z в хорошее 2D-изображение для этих плагинов оказывается трудным.
Для справки я загрузил все кусочки в imgur: Ссылка
Мой текущий метод заключается в том, чтобы взять файл.lif с микроскопа и загрузить его в FIJI. Я использую функцию "z project" в FIJI для создания 2D проекции. Затем я перемещаю 2D-изображение в Cellprofiler и использую его во встроенных модулях для обнаружения.
Мне было интересно, есть ли у кого-нибудь лучший способ / какие-нибудь советы по подсчету клеток, приостановленных в 3D?