Как сохранить метаданные ImageJ TIFF с помощью Python

Question

Я пытаюсь сохранить стек tiff с помощью tifffile и с помощью этого решения добавить теги и значения метаданных ImageJ tiff.

Код выполняется без ошибок, но когда я открываю "информацию об изображении" в ImageJ, я не вижу созданный мной новый тег.

Я действительно не знаю, как работают теги Tiff, поэтому я выбрал тег с именем "Имя", потому что это имя тега существует, когда я открываю метаданные, которые были сохранены с ImageJ.

Я только немного изменил функцию от исходного решения, чтобы поддержать мой тег. Это код, который я использую:

def imagej_metadata_tags(metadata, byteorder):
    """Return IJMetadata and IJMetadataByteCounts tags from metadata dict.

    The tags can be passed to the TiffWriter.save function as extratags.

    """
    header = [{'>': b'IJIJ', '<': b'JIJI'}[byteorder]]
    bytecounts = [0]
    body = []

    def writestring(data, byteorder):
        return data.encode('utf-16' + {'>': 'be', '<': 'le'}[byteorder])

    def writedoubles(data, byteorder):
        return struct.pack(byteorder+('d' * len(data)), *data)

    def writebytes(data, byteorder):
        return data.tobytes()

    metadata_types = [
        ('Name', b'Name', 1, writestring),
    ]

    for key, mtype, count, func in metadata_types:
        if key not in metadata:
            continue
        if byteorder == '<':
            mtype = mtype[::-1]
        values = metadata[key]
        if count is None:
            count = len(values)
        else:
            values = [values]
        header.append(mtype + struct.pack(byteorder+'I', count))
        for value in values:
            data = func(value, byteorder)
            body.append(data)
            bytecounts.append(len(data))

    body = b''.join(body)
    header = b''.join(header)
    data = header + body
    bytecounts[0] = len(header)
    bytecounts = struct.pack(byteorder+('I' * len(bytecounts)), *bytecounts)
    return ((50839, 'B', len(data), data, True),
            (50838, 'I', len(bytecounts)//4, bytecounts, True))

ijtags = imagej_metadata_tags({'Name': 'DPY'}, '>')

tif.imsave(some_path, frame, imagej=True, extratags=ijtags)

Answer 1

IJMetadata тег может содержать только определенную информацию о приложении. Смотрите доктрину imagej_metadata_tag функция. Вы можете указать metadata={'Name': 'A name'} сохранить дополнительные метаданные в ImageDescription тег. ImageJ может или не может использовать эту информацию. Теги TIFF, используемые ImageJ, не документированы.