Описание тега ete3
Используйте для вопросов, связанных с набором инструментов ETE версии 3, фреймворком Python для работы с деревьями.
0
ответов
"Модуль" не имеет attritube "Treestyle"
Если были найдены какие-то хиты на стеке потока, когда у людей возникают проблемы с использованием инструментов ete3, когда PyQT4 не установлен, и это (раньше) также относится ко мне. Тем не менее, я сейчас попытался переустановить часть программног…
17 окт '18 в 23:08
0
ответов
Как удалить дубликаты в списке объектов без __hash__
У меня есть список пользовательских объектов, из которых я хочу удалить дубликаты. Обычно вы делаете это, определяя оба __eq__ а также __hash__ для ваших объектов, а затем принимая set из списка объектов. Я определил __eq__, но я не могу найти хорош…
10 окт '17 в 10:23
1
ответ
Различные guiding_lines_colos для разных конечных узлов в ETE3 с использованием класса TreeStyle или чего-либо еще
Как я могу добавить разные цвета для направляющей линии (соединяя листовой узел с текстом, используя guiding_lines_color в классе TreeStyle) в модуле ETE3 python. Спасибо
09 сен '16 в 11:48
2
ответа
Как конфертировать из NetworkX graph в ete3 Дерево объекта?
Я пытаюсь выяснить, как построить ete3.Tree объект из networkx ориентированный граф? Я добавил каждый child так, как я думал, даст желаемый результат, но у меня проблемы. edges = [('lvl-1', 'lvl-2.1'), ('lvl-1', 'lvl-2.2'), ('lvl-2.1', 'lvl-3.1'), (…
10 июл '18 в 21:06
0
ответов
Модуль ete3 на python3 - не может импортировать TreeStyle, лица, AttrFace, NodeStyle
Я пользователь Linux и до сих пор успешно использую ete3 в python2. Я установил ete3 для python3, и есть некоторые модули, которые python3 не может найти. Я считаю, что все зависимости установлены в соответствии с инструкциями. Я могу импортировать …
09 мар '18 в 12:03
0
ответов
Как правильно обновить пустой объект ete3.Tree с помощью отформатированной строки дерева newick [Python]?
Я создаю класс, который наследует от ete3.Tree, Я хочу добавить newick отформатировал строку для объекта, но я не могу найти правильный способ обновления объекта. я хочу t2 ниже, чтобы быть такой же структурой, как t1 и под структурой я имею в виду …
22 июн '18 в 19:18
4
ответа
Ожидаемый объект str, bytes или os.PathLike, а не InMemoryUploadedFile
У меня есть метод, чтобы прочитать файл Newick и вернуть строку в среде Django, которая заключается в следующем: def handle_uploaded_file(f): output = " " for chunk in f.chunks(): output += chunk.decode('ascii') return output.replace("\n", "").repla…
01 июн '18 в 07:37
0
ответов
Как я могу инициализировать веб-сервер django всякий раз, когда я отправляю значения из шаблона?
Я новичок в веб-разработке Django. Теперь я создаю веб-приложение с помощью инструментария ete3 (используя pyqt для создания древовидного изображения). Проблема в том, что мое приложение работает нормально только в первый раз, но после повторной отп…
04 ноя '18 в 17:27
0
ответов
Ошибка использования ete3 в Python: "Нет имени модуля cPickle"
У меня проблема, похожая на: Ошибка импорта Theano: Нет модуля с именем cPickle Но с использованием ete3 (www.etetoolkit.org). Я опустился до ete2, и проблема исчезла, но я хотел бы использовать функциональность в ete3. Следуя комментариям в соответ…
06 янв '16 в 18:44
2
ответа
Есть ли способ иметь простую ascii визуализацию бинарного дерева поиска?
Я разработал бинарную структуру поиска и хочу добавить некоторую функцию, которая может визуализировать дерево. Код ниже принадлежит бинарному дереву поиска: class Node(object): def __init__(self, data): self.data = data self.leftChild = None self.r…
21 сен '16 в 20:41
1
ответ
Используя python 3.x, как я могу передать объект Tree из ete3 в DendroPy без записи в файл
Я использую пакет ete3 в python для построения филогенетических деревьев из данных, которые я сгенерировал с помощью стохастической модели, и он работает хорошо. Ранее я записывал эти деревья в формат newick, а затем использовал другой скрипт с паке…
02 июн '16 в 13:43
0
ответов
Ошибка при использовании функции рендеринга ete3 в python
Я пытаюсь визуализировать дерево, используя ete3 в Python. Это мой основной код: from ete3 import Tree, TreeStyle t = Tree( "((a,b),c);" ) circular_style = TreeStyle() circular_style.mode = "c" # draw tree in circular mode circular_style.scale = 20 …
01 сен '17 в 13:03
0
ответов
ete3.TextFace: Размер метки листа (fsize) не изменяется на круговой дендрограмме (Python 3)
Я работал над оберткой для ete3 где я могу настроить метки листьев (т. е. на каких листьях есть метки) и наличие узлов (т. е. на каких листах показаны) У меня проблемы с определением размера этикетки. Когда я пытаюсь изменить fsize в TextFaceна само…
15 дек '16 в 18:53
0
ответов
Как отрисовать дерево ete3 в шаблоне django?
Я очень новичок в программировании django и ete3. Я хочу сгенерировать филогенетическое дерево с помощью набора инструментов ete3 в views.py и отобразить svg-изображение дерева в шаблоне. Когда я попробовал как ниже views.py matrix = """ #Names\tcol…
25 окт '18 в 16:49
1
ответ
Как покрасить листья на дереве `ete3`? (Python 3)
Я только начал использовать ete3 и это круто. Как я могу покрасить листья ete3 Дерево объекта с использованием цветового словаря? я сделал "c":None потому что я не хочу из c показывать. Я хочу лучше контролировать рендеринг дерева, но не могу понять…
08 сен '16 в 00:34
0
ответов
Дерево рендеринга с пакетом ete3 портит меню в tkinter
Я разрабатываю настольное приложение, используя tkinter для GUI. Приложение генерирует несколько вложенных структур данных, которые я хочу визуализировать графически в виде деревьев. Для этого я использую пакет ete3. Однако, когда я рендерил деревья…
13 фев '18 в 02:33
1
ответ
ETE3: Как получить разные атрибуты на дереве, сделанные.get_topology
Я создал филотрея, используя.get_topology в списке, но не могу добавить научные имена и ранги к узлам. В частности: from ete3 import NCBITaxa, Tree, TreeStyle, NodeStyle Ltax = [561863, 333367, 518636, 1262999, 657322, 550540, 44012, 748224, 518636,…
15 сен '16 в 18:35
0
ответов
Загрузка NCBITaxa вылетает
Я уже давно использую модуль ete2 на очень мощных серверах. Все было хорошо, пока он не начал идти очень медленно (один get_taxid_translator() функция в минуту), теперь я даже не могу пройти ncbi = NCBITaxa() назначение. Я удалил и переустановил ana…
10 окт '16 в 01:41
1
ответ
Добавление ярлыков к тепловым картам в ete3
Я прочитал всю документацию по созданию тепловой карты лица профиля, но я не мог найти способ добавить метки к тепловой карте, созданной ete3. Например, в следующем коде 7 столбцов тепловой карты имеют имена от "Marker1" до "Marker7". Есть ли способ…
16 июл '18 в 16:55
1
ответ
ete3: Как получить названия таксономических рангов из идентификатора таксономии?
Я хочу использовать это для преобразования набора идентификаторов, но мне нужно точно знать, какой таксономический ранг присваивается каждому таксономическому коду. Ниже показан пример конверсии, который имеет смысл, но я не знаю, как обозначить нек…
10 сен '17 в 20:09