Описание тега ncbi
NCBI - это Национальный центр биотехнологической информации, один из самых важных веб-сайтов, используемых биоинформатиками. NCBI поддерживает большое количество различных биоинформатических веб-сервисов, а также предоставляет важные базы данных для загрузки.
4
ответа
Как решить ОЧЕНЬ БОЛЬШУЮ проблему URL для гиперссылки... с помощью jQuery или Javascript, вызывающего любой скрипт perl,php и т. д.
Я построил пользовательский интерфейс, как поисковая система для BioProcess/Disease-> Genes. например, пользователь может запросить: "стволовые клетки" или "опухоль головного мозга", и в результате он даст от 50 до 5000 идентификаторов генов (в осно…
14 май '09 в 15:18
1
ответ
Blast+ Local Configuration: Как настроить базы данных nt и nr?
Я настраиваю Blast+ на моем mac (os sierra) и у меня возникают проблемы с настройкой баз данных nr и nt, которые я также скачал локально. Я пытаюсь следовать инструкциям NCBI и зацикливаюсь на шагах настройки и выполнения примера. Они говорят, чтобы…
10 сен '17 в 22:51
1
ответ
Лучший способ сканировать страницу с несколькими перенаправлениями
Я хочу просканировать веб-сайт NCBI и отправить запрос на выравнивание белка по этой ссылке: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST;_PROGRAMS=blastp&PAGE;_TYPE=BlastSearch Я хотел бы знать, могу ли я отправить запрос на этот ад…
25 апр '14 в 23:41
2
ответа
Ошибка: слишком много позиционных аргументов (1) при использовании BLAST с bash для цикла
Я пытаюсь написать сценарий, который будет проходить через все каталоги в каталоге, где он будет запрашивать определенную последовательность в локальной базе данных Blast. Я запустил поиск BLAST без цикла bash for и в первую очередь использовал цикл…
12 сен '18 в 19:14
1
ответ
Получение 10 лучших последовательностей результатов BLAST Bio Python
Я хочу получить 10 лучших последовательностей результатов BLAST (только последовательности, без выравнивания, оценки, электронного значения и т. Д.). Я ввожу текстовый файл, содержащий 5 быстрых файлов. Таким образом, мой вывод должен быть топ-10 бл…
05 июл '11 в 04:31
1
ответ
Pubmed возвращает неверные результаты XML?
Я использую JEUtils для извлечения и анализа результатов Pubmed в Java (это инструмент, который, похоже, заброшен). Так как несколько дней назад инструмент выдавал исключения в некоторых результатах, и после проверки кажется, что Pubmed не соблюдает…
11 окт '16 в 11:36
1
ответ
Использование функции Meta() с переменной в цикле: Ошибка не может найти унаследованный метод для функции?
Я пытаюсь извлечь одно значение из метаданных файла GSM .soft. Я могу сделать это без ошибок, используя Meta(GSM971958)$characteristics_ch1[3], но я получаю сообщение об ошибке при попытке выполнить команду того же типа с переменной через цикл. Я не…
08 июн '17 в 16:38
1
ответ
Использование Biopython для получения сведений о неизвестной последовательности с помощью BLAST
Я использую Biopython впервые. У меня есть данные о последовательности неизвестных организмов, и я пытаюсь использовать BLAST, чтобы определить, из какого организма они, скорее всего, пришли. Я написал следующую функцию для этого: def find_organism(…
18 авг '14 в 11:36
1
ответ
Получить NCBI taxID под указанным taxID
Несколько похоже на эту тему: Как я могу получить таксономические звания от таксонов? У меня есть TaxID для рода, и я хочу получить все TaxID или номера доступа ниже этого рода. Кто-нибудь может посоветовать?
19 сен '17 в 15:18
1
ответ
Ошибка R при подключении к NCBI для доступа к белковым последовательностям с использованием "read.GenBank"
Я пытаюсь получить доступ к данным последовательности белка из NCBI в R, используя функцию read.Genbank: например ref.proteins <- c("XP_005327622", "XP_026241994", "NP_001107354", " XP_007536378", "NP_001268234 XP_004712197", "XP_017531808", "PBC…
02 дек '18 в 23:49
1
ответ
PHP скрипт работает в терминале, но не в браузере
В моем сценарии я загружаю файл XML из Интернета и распечатываю его содержимое. Проблема в том, что он не печатает содержимое в браузере, но успешно работает в терминале при использовании php index.php Еще одна вещь, когда я использую: <?php $x =…
09 май '14 в 10:33
0
ответов
PSIPRED, как установить и заставить его работать?
Я пытаюсь настроить PSIPRED для запуска прогнозирования вторичной структуры, но файл README.md недостаточно подробен для начинающего, как я, чтобы настроить и запустить PSIPRED. Я пытаюсь использовать его с BLAST+. Я работаю в операционной системе L…
05 сен '17 в 13:33
2
ответа
PHP не может получить значение из определенного элемента DOM
Я пытаюсь извлечь контент из элемента ap на этой странице. Как вы можете видеть, в исходном коде есть абзац с содержанием, которое я хочу: <p id="qb"><!-- QBlastInfoBegin Status=READY QBlastInfoEnd --></p> На самом деле я хочу прин…
29 июн '14 в 12:21
1
ответ
Только некоторые из моих видов конвертируются в идентификаторы NCBI с использованием биопиона для преобразования видов в идентификаторы
У меня есть некоторый код, который удаляет название вида из списка с подчеркиванием в формате, подходящем для NCBI, затем выполняется поиск идентификатора, связанного с этим названием вида, однако по какой-то причине это не работает со всеми записям…
25 июн '18 в 09:37
1
ответ
Цикл сохранения вывода в матрицу
Я пытаюсь получить доступ к базе данных NCBI SRA, запросить ее список идентификаторов и сохранить вывод в матрицу. Для этого я использую пакет sradb от Bioconductor, и теперь я могу обращаться к базе данных и запрашивать ее, но она действительно мед…
10 ноя '16 в 09:28
1
ответ
Найти последовательности, которые не соответствуют целевой последовательности
Интересный вопрос от Rnaer из Biostar: Я хочу найти уникальные последовательности ДНК / белка заданной длины (например, 30nt), которые не соответствуют ни одной области генома C.elegans. Есть ли инструмент для этого?
26 ноя '13 в 02:49
2
ответа
Получает ли efetch () Bio.Entrez все метаданные статьи PubMed?
Интересно, есть ли у Bio.Entrez 's efetch() извлекает все метаданные статьи PubMed, используя PMID в качестве входных данных. Под всеми метаданными я имею в виду, имеет ли PubMed больше метаданных, чем что efetch() извлекает. Например, я вижу, что д…
27 июн '16 в 04:42
2
ответа
Как установить свойства QNetworkReply, чтобы получить правильные страницы NCBI?
Я пытаюсь получить этот следующий URL с помощью функции downloadURL следующим образом: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/27884304 Но данные не такие, как мы можем видеть через браузер, теперь я знаю, что нужна некоторая правильная информация (напр…
04 апр '10 в 22:31
0
ответов
Как скачать коллекцию в NCBI в python
У меня есть коллекция в ncbi с 100 последовательностями, я хочу скачать все последовательности и составить список функций Пример FEATURES Location/Qualifiers source 1..866 /organism="Boletus roseogriseus" /mol_type="genomic DNA" /country="Czech Repu…
05 апр '18 в 12:06
1
ответ
Entrez epost + elink возвращает результаты не в порядке с Biopython
Я столкнулся с этим сегодня и хотел бросить это там. Похоже, что используя интерфейс Biopython для Entrez в NCBI, невозможно получить результаты обратно (по крайней мере от elink) в правильном (так же, как и ввод) порядке. Пожалуйста, смотрите код н…
10 сен '14 в 21:22