ete3: Как получить названия таксономических рангов из идентификатора таксономии?

Question

Я хочу использовать это для преобразования набора идентификаторов, но мне нужно точно знать, какой таксономический ранг присваивается каждому таксономическому коду. Ниже показан пример конверсии, который имеет смысл, но я не знаю, как обозначить некоторые из вызовов таксономии. Основные таксономические ранги: (домен, королевство, тип, класс, порядок, семейство, род и виды) https://en.wikipedia.org/wiki/Taxonomic_rank.

В большинстве случаев это будет легко, но в случае наличия подвидов и штаммов для бактерий это может привести к путанице.

Как мне получить ete3, чтобы указать, какому рангу соответствуют идентификаторы линии в таксономическом ранге?

import ete3
import pandas as pd

ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]


1                       root
131567    cellular organisms
2                   Bacteria
1224          Proteobacteria
28216     Betaproteobacteria
206351          Neisseriales
481            Neisseriaceae
32257               Kingella
505          Kingella oralis
Name: 505, dtype: object

Answer 1

Использование ncbi.get_rank() чтобы получить словарь {id:name} затем сделать некоторые основные преобразования, чтобы получить {name:taxonomy}