Повернуть метки для дгрограммы ggplot
Я пытаюсь создать дендрограмму с помощью пакета dendextend. Он создает действительно хорошие дендрограммы gg, но, к сожалению, когда вы превращаете его в "круг", ярлыки не идут в ногу. Я приведу пример ниже.
Мой дистанционный объект находится здесь: http://speedy.sh/JRVBS/mydist.RDS
library(dendextend)
library(ggplot2)
#library(devtools) ; install_github('kassambara/factoextra')
library(factoextra)
clus <- hcut(mydist, k = 6, hc_func = 'hclust',
hc_method = 'ward.D2', graph = FALSE, isdiss = TRUE)
dend <- as.dendrogram(clus)
labels(dend) <- paste0(paste0(rep(' ', 3), collapse = ''), labels(dend))
dend <- sort(dend, decreasing = FALSE)
ggd1 <- ggplot(dend %>%
set('branches_k_color', k = 6) %>%
set('branches_lwd', 0.6) %>%
set('labels_colors', k = 6) %>%
set('labels_cex', 0.6),
theme = theme_minimal(),
horiz = TRUE)
ggd1 <- ggd1 + theme(panel.grid.major = element_blank(),
axis.text = element_blank(),
axis.title = element_blank())
ggd1 <- ggd1 + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -3)
Это в основном дает мне это изображение: 
Что здорово. Однако я хочу превратить это в круг и использовать:
ggd1 + coord_polar(theta = 'x')
И я получаю этот график ниже. Это близко к тому, что я хочу, но мне просто нужно повернуть метки. 
Любая помощь приветствуется. Я знаю, что под капотом dendextend в основном создает несколько data.frames, а затем вызывает geom_segment() а также geom_text() на них создать дендрограмму и метки. Я полагаю, что могу представить связанный data.frame следующим образом:
back.df1 <- dendextend::as.ggdend(dend)
back.df2 <- dendextend::prepare.ggdend(back.df1)
Другая тактика, возможно, будет использовать ggplot(labels = FALSE...) при построении, а затем добавить geom_text() вручную каким-то образом, который сохраняет окраску, но позволяет мне использовать geom_text(angle = ),
Я также подозреваю, что некоторая комбинация различных волшебств ggplot позволит мне back.df2 и создайте 1-й и второй графики снова, но также контролируйте угол меток. Тем не менее, я не знаю, как это сделать, и я уже разработал многое, используя пакет dendextend, и в идеале хотел бы избежать использования какого-либо нового пакета для создания объектов дендрограммы, потому что мне действительно нравится это вне меток!
РЕШЕНИЕ
Я основал это на решении от Ричарда Телфорда ниже. Сначала я создал отредактированную версию ggplot.ggdend(), Это идентично тому, что приведено в ответе ниже. Затем я создал функцию для автоматического создания углов и векторов, чтобы поворот меток переключался с 6 до 12 часов для улучшения читабельности.
createAngleHJustCols <- function(labeldf) {
nn <- length(labeldf$y)
halfn <- floor(nn/2)
firsthalf <- rev(90 + seq(0,360, length.out = nn))
secondhalf <- rev(-90 + seq(0,360, length.out = nn))
angle <- numeric(nn)
angle[1:halfn] <- firsthalf[1:halfn]
angle[(halfn+1):nn] <- secondhalf[(halfn+1):nn]
hjust <- numeric(nn)
hjust[1:halfn] <- 0
hjust[(halfn+1):nn] <- 1
return(list(angle = angle, hjust = hjust))
}
Затем я создал график, используя следующий код:
gdend <- dendextend::as.ggdend(dend %>%
set('branches_k_color', k = 6) %>%
set('branches_lwd', 0.6) %>%
set('labels_colors', k = 6) %>%
set('labels_cex', 0.6))
gdend$labels$angle <- ifelse(horiz, 0, 90)
gdend$labels$hjust <- 0
gdend$labels$vjust <- 0.5
# if polar, change the angle and hjust so that the labels rotate
if(polarplot) {
newvalues <- createAngleHJustCols(gdend$labels)
gdend$labels$angle <- newvalues[['angle']]
gdend$labels$hjust <- newvalues[['hjust']]
}
ggresult <- newggplot.ggdend(gdend, horiz = TRUE, offset_labels = -2)
ggresult <- ggresult + ggtitle(plottitle)
ggresult <- ggresult + theme(plot.margin = margin(c(2,2,2,2),
axis.text = element_blank(),
plot.title = element_text(margin = margin(10,2,2,2)))
ggresult <- ggresult + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -5)
ggresult <- ggresult + coord_polar(theta = 'x', direction = 1)
И это в конечном итоге привело к окончательному сюжету! 
(Я изменил пару вещей в данных, поэтому некоторые из них могут выглядеть по-другому на графике)
1 ответ
Это возможно, но вам нужно отредактировать dendextend:::ggplot.ggdend первым, чтобы заставить его принять angle эстетическое (а также hjust а также vjust)
Шаг 1: редактировать dendextend:::ggplot.ggdend
newggplot.ggdend <- function (data, segments = TRUE, labels = TRUE, nodes = TRUE,
horiz = FALSE, theme = theme_dendro(), offset_labels = 0, ...) {
data <- prepare.ggdend(data)
#angle <- ifelse(horiz, 0, 90)
#hjust <- ifelse(horiz, 0, 1)
p <- ggplot()
if (segments) {
p <- p + geom_segment(data = data$segments, aes_string(x = "x", y = "y", xend = "xend", yend = "yend", colour = "col", linetype = "lty", size = "lwd"), lineend = "square") +
guides(linetype = FALSE, col = FALSE) + scale_colour_identity() +
scale_size_identity() + scale_linetype_identity()
}
if (nodes) {
p <- p + geom_point(data = data$nodes, aes_string(x = "x", y = "y", colour = "col", shape = "pch", size = "cex")) +
guides(shape = FALSE, col = FALSE, size = FALSE) +
scale_shape_identity()
}
if (labels) {
data$labels$cex <- 5 * data$labels$cex
data$labels$y <- data$labels$y + offset_labels
p <- p + geom_text(data = data$labels, aes_string(x = "x", y = "y", label = "label", colour = "col", size = "cex", angle = "angle", hjust = "hjust", vjust = "vjust"))#edited
}
if (horiz) {
p <- p + coord_flip() + scale_y_reverse(expand = c(0.2, 0))
}
if (!is.null(theme)) {
p <- p + theme
}
p
}
assignInNamespace(x = "ggplot.ggdend", ns = "dendextend", value = newggplot.ggdend)
Шаг 2: Сделать объект данных
gdend <- dendextend::as.ggdend(dend %>%
set('branches_k_color', k = 6) %>%
set('branches_lwd', 0.6) %>%
set('labels_colors', k = 6) %>%
set('labels_cex', 0.6),
theme = theme_minimal(),
horiz = TRUE)
gdend$labels$angle <- seq(90, -270, length = nrow(gdend$labels))
gdend$labels$vjust <- cos(gdend$labels$angle * pi) / (180)
gdend$labels$hjust <- sin(gdend$labels$angle * pi) / (180)
Шаг 3: сюжет
ggd1 <- ggplot(gdend)
ggd1 <- ggd1 + theme(panel.grid.major = element_blank(),
axis.text = element_blank(),
axis.title = element_blank())
ggd1 <- ggd1 + ylim(max(get_branches_heights(dend)), -3)
ggd1
ggd1 + coord_polar(theta = 'x')