Как покрасить метки дендрограммы дополнительным фактором в независимом фрейме данных в R
У меня есть дендограмма из 150 генов, импортированных в R, и у меня есть фрейм данных с такими же метками дендограммы со значениями баллов от 0 до 200, которые не зависят от дендограммы.
Я хотел бы закрасить метки дендограммы значениями из таблицы, используя градиент цветов от синего до красного, например. Я нашел ответы на аналогичные вопросы по следующим ссылкам. Как закрасить метки дендрограммы дополнительной факторной переменной в R & Как закрасить метки дендрограммы в соответствии с определенными группами? (в R)
Но я не смог понять, как преобразовать примеры кода для моего кода, потому что:
1) ни один из них не соответствует дендограмме с внешним значением, связанным метками, и
2) Я хотел бы назначить цвет в зависимости от оценки, а не случайный цвет.
Вот пример данных моего кода
library(ape)
library(dendextend)
# Load tree
MyTree <- read.tree("species_tree.ph")
((енот:19.19959, медведь:6.80041):0.84600,((морской лев:11.99700, тюлень:12.00300):7.52973,((обезьяна:100.85930, кошка:47.14069):20.59201, ласка:18.87953):2.09460):3.87382, собака:25,46154);
MyTree$root.edge <- 0 # Root the tree
MyTree=root(MyTree,"monkey",resolve.root = TRUE)
utree <- chronos(MyTree, lambda = 0, model = "correlated") # Convert to ultrametric
dend=as.dendrogram(utree) # Make dendogram
plot(dend)
# Load data of scores
scores <- read.csv("Scores_species.csv", header = TRUE, sep ="\t")
Species Score
1 raccoon 97
2 bear 78
3 sea_lion 46
4 seal 14
5 monkey 57
6 cat 89
7 weasel 88
8 dog 97
dend2 <- color_labels(dend, k=8, groupLabels = scores ) # Add colors to labels
(здесь я хотел бы иметь градиент цветов в зависимости от оценки) Этот график был сгенерирован с помощью другого инструмента, но это то, что я ожидаю сгенерировать с помощью некоторого инструмента градиентов цвета в R