Описание тега gplots

Описание тега Вопросы с тегом
Различные инструменты программирования R для построения графиков данных
0 ответов

Невозможно получить доступ к индексу для хранилища http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib

Я попытался установить пакет gplots в R с помощью > install.packages("gplots") Тем не менее, он возвращает предупреждение и ошибку Advarsel: unable to access index for repository http://mirrors.dotsrc.org/cran/src/contrib Advarsel: unable to acce…
20 авг '15 в 07:37
1 ответ

R - gplots - удаление пустого пространства в heatmap.2, когда ключ =FALSE

Я имею: library(gplots); x<-matrix(seq(1:100),nrow=10,byrow=TRUE); heatmap.2(x, Rowv=NA, Colv=NA, scale="none", main="This title will be cut off by the white space where the non-existant key is supposed to go.", col=gray((255:0)/255), dendrogram=…
22 май '13 в 03:31
0 ответов

Как настроить несколько переменных в один граф в R?

Я немного новичок в R и столкнулся с проблемами при настройке значений данных в график, который я создал с помощью ggplot2. Вот код, который я использую для создания сюжета. sample.data <- read.csv(file = file.choose()) sample.data1 <- read.cs…
08 авг '15 в 22:26
1 ответ

R - построение эскизов (находящихся в списке) на диаграмме рассеяния

Я хотел бы нанести набор миниатюрных изображений в виде точек на диаграмме рассеяния. Я начал с кода ответа, расположенного здесь, но они повторяют одну и ту же миниатюру по всему графику, тогда как у меня есть список изображений. xy <- data.fram…
11 май '16 в 00:02
1 ответ

Выпуск ROCR / Gplot

Я пытаюсь установить пакет ROCR через следующий код install.packages("ROCR") install.packages("gplots") library(gplots) library(ROCR) Однако я получаю следующую ошибку: > library(gplots) Error: package or namespace load failed for ‘gplots’ in inD…
02 ноя '17 в 05:07
0 ответов

Пытаетесь экспортировать PDF-график в функцию, но в файле нет страниц?

Это моя функция: heat <- function(grid, export = TRUE) { map <- gplots::heatmap.2(grid, na.rm = TRUE, dendrogram = "none", Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none", density.info = "none", col = colorRampPalette(c("yellow", "orange", "red")))…
09 ноя '18 в 16:57
1 ответ

Игнорировать значения ниже порогового значения в матрице смежности для тепловых карт в R

У меня есть матрица смежности (netm) с одновременным появлением в основном 0. Я получаю карту тепла ниже, когда я строю ее, используя: require(gplots) heatmap.2(netm,col=c("gold", "dark orange","orange","yellow"), Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none", …
17 янв '18 в 15:54
1 ответ

Метки оси не изменены в gplots.plotmeans

При создании сюжета с помощью gplots.plotmeansметки оси установлены не на то, что я хочу, а на "средства" и "индекс". Вот код: library(gplots) plotmeans(ioe.dimension ~ ioe$profile, col=3, xlab="Profile", ylab="Means", ylim=c(2.5,6.5), bars=FALSE) a…
21 сен '18 в 11:18
0 ответов

Отформатируйте ось x/y в ggsurvplot

ggsurvplot создает замечательные графики, и мне понравилась его серая тема. Например: library("survminer") require("survival") fit<-survfit(Surv(time,status) ~ 1, data = lung) ggsurvplot(fit, color = "darkmagenta", ggtheme = theme_grey()) К сожал…
05 янв '19 в 14:28
1 ответ

Как раскрасить метки дендограммы с помощью dendextend и heatmap.2, используя предварительно определенные группы образцов

heatmap.2 назначает неверные цвета меткам при использовании аргумента "colRow". Есть ли альтернативный способ, как назначить цвета для меток в heatmap.2? Или я что-то не так делаю? (примеры основаны на примерах из дендрограммы "Ярлык" и "Цветной лис…
03 июл '18 в 18:46
1 ответ

R: изменение размера столбца имени карты heatmap.2

Я использовал следующий код: library("gplots") heatmap.2(assay(vsd)[ens_union,], trace = "none", density.info = "none") Для получения следующей тепловой карты: Как видите, метки строк обрезаны (первым должен быть, например, ENSMUSG00000000088, но то…
16 фев '15 в 17:05
0 ответов

Анализ текста с помощью R -визуализации

Я провел эксперимент по отслеживанию глаз, поэтому для простоты у меня есть несколько отрывков из книги, где каждое слово является элементом в столбце IA_LABEL (нумеруется в соответствии с положением в тексте, ITEM_ID), и у меня также есть различные…
26 сен '18 в 17:34
1 ответ

R: Взвешенный график Joyplot/Ridgeplot/Density?

Я пытаюсь создать джойплот, используя ggridges пакет (на основе ggplot2). Общая идея заключается в том, что джойплоты создают красиво масштабированные графики плотности. Тем не менее, я не могу произвести одно из них, используя взвешенную плотность.…
09 окт '17 в 21:35
1 ответ

Не удается загрузить библиотеку R на сервер с помощью команды Rscript

Я звоню из perl-cgi используя my $call = qx(Rscript tcga_analysis.R $bg_name $ctr_name $set $user); когда я использую Rscript myRscript.R из unix на сервере это работает, но из perl я не могу загрузить какой-либо пакет. Я получаю следующую ошибку (и…
06 сен '14 в 16:42
1 ответ

Как изменить положение рядных цветов в R heatmap.2

При использовании R heatmap.2 функция от gplots пакет, можно передать аргумент rowsidecolors, который затем вставит столбец рядом с дендрограммой, как показано здесь . Мне было интересно, можно ли переместить столбец на противоположную сторону тепло…
27 мар '13 в 13:43
1 ответ

Как различить цвета фона и значения NA в gplot

Я создаю карту хлорофилла для озера. Я хочу залить озеро синим цветом, где концентрация хлорофилла очень низкая и светло-голубым для значений NA. Я использую код, указанный ниже gplot(Chlorophyll_map_5) + geom_tile(aes(fill=value)) + scale_fill_grad…
18 июл '17 в 09:44
1 ответ

Сюжетное форматирование легенд

Я излагаю средства сгруппированных данных, и у меня возникают проблемы с получением легенды, чтобы быть правильными. Текст настолько большой, что видны только названия двух групп, а не всех четырех. Я потратил много времени, пытаясь использовать cex…
29 ноя '14 в 02:42
1 ответ

Как изменить шрифт в вашей легенде на шрифт Windows

Как я могу изменить шрифт и размер в R. Я хочу это Times New Roman, возможно ли это. Где я должен поставить команду этот скрипт, который я пытался изменить шрифт
01 апр '17 в 11:41
0 ответов

R heatmap.2: Как отрегулировать яркость гистограммы на цветовой клавише?

По причинам сравнения двух тепловых карт, связанных с категориальными переменными, я хотел бы знать, как я могу отрегулировать ось "Подсчет" графика плотности / гистограммы, наложенного на цветовой ключ, так, чтобы в обоих тепловых картах ключи, вкл…
18 авг '18 в 16:16
0 ответов

Тепловая карта, отображающая величину и значение p (R::ggplot2)

Я хотел бы сделать тепловую карту, которая отображает как величину, так и значение p числа в каждом поле. Я хочу, чтобы цвет каждой ячейки описывал значение (v), и я хочу, чтобы толщина границы каждой ячейки описывала значение p. df = data.frame(x=1…
27 май '15 в 20:32