Дендрограмма ggplot2 отображает узлы как листья
Я построил радиальную дендрограмму из категориальных данных, используя data.tree, dendextend и ggplot2. Моя цель - создать диаграмму, похожую на эту:
Тем не менее, некоторые из моих узлов разветвляются как листья, и мне интересно, зависит ли это от моей структуры данных и что я могу с этим поделать:
Бит, выделенный желтым цветом, - "Insular" из ветви "Celtic". На самом деле это должен быть узел, обозначенный стрелкой.
Я не знаю, что еще я мог сделать со своими данными, чтобы создать объект дендрограммы.
Вот код и данные, которые я использовал:
library(dendextend)
library(ggplot2)
library(data.tree)
ExceptII$pathString <- paste("ExceptII",ExceptII$Level1,ExceptII$Level2,ExceptII$Level3,ExceptII$Level4,ExceptII$Level5,ExceptII$Level6,ExceptII$level7,ExceptII$level8,ExceptII$Level9, sep= "|")
head(ExceptII)
ExceptIITree <- as.Node(ExceptII, pathDelimiter = "|")
#The structure looks fine when I print it
ExceptIITree
dendrogram <- as.dendrogram(ExceptIITree)
ggd1 <- as.ggdend(dendrogram)
ggplot(ggd1, labels = FALSE) +
scale_y_reverse(expand = c(0.2, 0)) +
coord_polar(theta="x")
Я также пытался
library(ggraph)
ggraph(dendrogram, 'dendrogram', circular = TRUE) +
geom_edge_diagonal()
который возвращает: Ошибка в [[.default
(ден, 2): индекс за пределами