Описание тега blast
BLAST - это базовый инструмент поиска локального сопоставления для сравнения информации о биологической последовательности.
0
ответов
BLAST Command Line - перезапуск
Я недавно установил BLAST для командной строки в Windows (см. Код ниже), и это работает. Тем не менее, когда я перезапускаю приглашение командной строки, команда blastn не работает сразу, если я не вернусь к фактической папке и не введу команду. То …
16 ноя '17 в 14:53
0
ответов
Я установил на Blast и использую локальную микробную базу данных для запуска поиска BLAST. "Blastn" работал
Я установил BLAST+ на мою Linux-машину вместе с локальной копией микробной базы данных. "blastn" отлично работает с такими запросами, как blastn -query query.txt -db 16SMicrobial Однако BlastP не удается, например, blastp -query query_protein.txt -d…
07 июн '12 в 22:04
1
ответ
Фильтрация результатов взрыва по значению, но только если уникальная
Я работаю над конвейером, который в какой-то момент генерирует сотни различных файлов в следующем формате (я пишу X в полях, которые меня не интересуют): id1 X X X X X X X X X evalue1 X id2 X X X X X X X X X evalue2 X ... Я должен отфильтровать этот…
06 апр '17 в 18:35
1
ответ
Получить взаимное лучшее совпадение в выходном файле взрыва
Я новичок, и я пытаюсь создать функцию, которая принимает два xml-файла и находит взаимные наилучшие совпадения (если определенный белок из specieA является наилучшим совпадением с другим белком в specieB, и наоборот, тогда они являются взаимно лучш…
25 окт '15 в 20:43
0
ответов
Biopython не может работать, не создавая базу данных и не находя файлы?
Я пытаюсь запустить BLAST локально на моем компьютере, и возникают проблемы, связанные с тем, что документация повсюду. Я запускаю это в локальном каталоге со всеми моими файлами в одном месте, за исключением папки M.pol, которая содержит мою протеи…
25 янв '18 в 13:27
1
ответ
Запустите RapSearch-программу с Torque PBS и qsub.
Моя проблема в том, что у меня есть кластерный сервер с Torque PBS и я хочу использовать его для запуска сравнения последовательностей с программой rapsearch. Обычная команда RapSearch: ./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v …
02 мар '16 в 15:19
1
ответ
Цикл ожидания результата или таймаута в r
Я написал очень быстрый сценарий взрыва в r, чтобы включить взаимодействие с NCBI blast API. Однако иногда загрузка URL-адреса результата занимает некоторое время, и мой сценарий выдает ошибку, пока URL-адрес не будет готов. Существует ли элегантный…
03 фев '17 в 23:38
1
ответ
TypeError: объект 'str' не вызывается - при заполнении базы данных
Я должен сделать сценарий, который автоматически делает BLAST для меня, а затем заполнить базу данных автоматически. Все идет хорошо, пока скрипт не попытается заполнить базу данных. Тогда я получаю следующую ошибку: Traceback (most recent call last…
09 июн '15 в 12:51
1
ответ
Использование биопиона NcbitblastnCommandline для извлечения несинонимичных замен
Я пытаюсь использовать NcbitblastnCommandline, чтобы взорвать запрос белка против нуклеотидной последовательности, а затем сообщить о попадании. Программа запустилась без ошибок. Однако в результате моя последовательность запросов оказалась содержит…
07 фев '19 в 02:39
3
ответа
Загрузка больших файлов в хеши в Perl (таблицы BLAST)
Я новичок в Perl, пожалуйста, помогите мне с моим запросом... Я пытаюсь извлечь информацию из взрывной таблицы (фрагмент того, как это выглядит ниже): Это стандартный ввод для взрывной таблицы... Я в основном хочу извлечь любую информацию из списка …
09 мар '12 в 08:23
1
ответ
Blast+ Local Configuration: Как настроить базы данных nt и nr?
Я настраиваю Blast+ на моем mac (os sierra) и у меня возникают проблемы с настройкой баз данных nr и nt, которые я также скачал локально. Я пытаюсь следовать инструкциям NCBI и зацикливаюсь на шагах настройки и выполнения примера. Они говорят, чтобы…
10 сен '17 в 22:51
1
ответ
BLAST с использованием Python subprocess.call о alignment.def и не знаю, что не так
Вот сценарий, который я пишу. Два вопроса. Во-первых, нам нужно распечатать результат взрыва, формируя XML hit_id, hit_len и hit_def. Первые два легко. Но hit.def - это то же самое, что и def. Как этого избежать? Во-вторых, нам нужно запустить прогр…
18 окт '14 в 22:45
0
ответов
Взорвать все данные из файла с одним файлом fasta, чтобы найти какие-либо выравнивания
Я хочу уничтожить все данные Файла из файла fasta_files(там более 100 файлов фа) с 15SAPIs_integrases_nt, чтобы найти, есть ли какие-либо выравнивания, я использую следующий код в окне bach: для меня в $(ls fasta_files); do makeblastdb -in ${i} -dbt…
27 сен '18 в 21:14
2
ответа
Ошибка: слишком много позиционных аргументов (1) при использовании BLAST с bash для цикла
Я пытаюсь написать сценарий, который будет проходить через все каталоги в каталоге, где он будет запрашивать определенную последовательность в локальной базе данных Blast. Я запустил поиск BLAST без цикла bash for и в первую очередь использовал цикл…
12 сен '18 в 19:14
1
ответ
Получение 10 лучших последовательностей результатов BLAST Bio Python
Я хочу получить 10 лучших последовательностей результатов BLAST (только последовательности, без выравнивания, оценки, электронного значения и т. Д.). Я ввожу текстовый файл, содержащий 5 быстрых файлов. Таким образом, мой вывод должен быть топ-10 бл…
05 июл '11 в 04:31
2
ответа
Различные инструменты Blast
Я в настоящее время ищу коммерческие против некоммерческих инструментов взрыва. Я несколько раз использовал взрыв NCBI для своих локальных поисков, но сейчас я ищу интересные альтернативы. Во время поиска я нашел некоторые интересные результаты, так…
05 май '11 в 15:17
2
ответа
Вывод из BlastP с использованием NCBIWWW не то, что я ожидал
Я пытаюсь получить результаты blastP для конкретного белка, используя NCBIWWW. Проблема в том, что то, что отправляется обратно, не является тем, что я распознаю как данные выравнивания, я получаю вот что (это содержимое "Blast_record" в исходном ко…
26 май '15 в 11:19
1
ответ
Использование Biopython для получения сведений о неизвестной последовательности с помощью BLAST
Я использую Biopython впервые. У меня есть данные о последовательности неизвестных организмов, и я пытаюсь использовать BLAST, чтобы определить, из какого организма они, скорее всего, пришли. Я написал следующую функцию для этого: def find_organism(…
18 авг '14 в 11:36
1
ответ
Проблемы с парным взрывом в биопионе
Я пытаюсь запустить попарный взрыв между двумя последовательностями внутри скрипта Python и используя инструменты взрыва биопиона. У меня нет проблем с запуском против локальной базы данных, добавив параметр db='blast_database' в blast_cline. Но есл…
07 фев '19 в 16:49
1
ответ
Ошибка: файл "xml_parser.py", строка 5, в <module> out_file = sys.argv[2] IndexError: список индексов вне диапазона
Этот xml-парсер работал у меня 2 года, но внезапно остановился, и я не знаю почему. Это сообщение я получаю, когда пытаюсь запустить 'python xml_parser.py file_name.xml'. Я даже сделал это с XML-документами, которые были проанализированы в прошлом, …
22 фев '19 в 21:23