Biopython не может работать, не создавая базу данных и не находя файлы?

Question

Я пытаюсь запустить BLAST локально на моем компьютере, и возникают проблемы, связанные с тем, что документация повсюду.

Я запускаю это в локальном каталоге со всеми моими файлами в одном месте, за исключением папки M.pol, которая содержит мою протеиновую базу данных в формате fasta. Кажется, os.system создает файл базы данных, но регистрируется как данные 0 КБ.

#!/usr/bin/env python
import os
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
#help(NcbiblastpCommandline)

#set up blast protein database
M_PS=open("M_PS.db", "w")
os.system('makeblastdb -in M_PS.fa -dbtype prot -out M_PS')
M_PS.close()

#open files needed for blast
Cout=open("Cout.xml", "w")
fasta_file= open("AtC1_CDS.txt").read()
db_file= open("M_PS.db").read()

#set blast command
blastpcline= NcbiblastpCommandline(query="fasta_file", db="db_file", 
                                    evalue=0.001,
                                    outfmt=5, out="Cout")

#run blast command
blastpcline
#NcbiblastpCommandline(cmd='blastp', out='Cout', outfmt=5, 
#query='fasta_file',
#db='db_file', evalue=0.001)
print(blastpcline)

stdout, stderr = blastpcline()
Cout.close()
fasta_file.close()
db_file.close()

фактическая ошибка: "C:\Anaconda3\lib\subprocess.py", строка 990, в _execute_child startupinfo) FileNotFoundError:[WinError2] Системе не удается найти указанный файл