Описание тега qsub

Описание тега Вопросы с тегом
Qsub is a job submission command for high performance computing jobs.
1 ответ

Запуск задания на нескольких узлах кластера GridEngine

У меня есть доступ к 128-ядерному кластеру, на котором я хотел бы запустить параллельное задание. Кластер использует Sun GridEngine, и моя программа написана для запуска с использованием Parallel Python, numpy, scipy на Python 2.5.8. Выполнение зада…
06 окт '10 в 13:31
1 ответ

linux: задание, переданное sge, застряло в состоянии 'dt'

Я попытался добавить работу в sqe с помощью qsub. Но, похоже, застрял. Состояние отображается как "dt". Что может быть не так? Я не могу добавить запустить больше заданий из-за этого. Как я могу удалить работу из очереди?
02 ноя '13 в 15:08
1 ответ

Запустите RapSearch-программу с Torque PBS и qsub.

Моя проблема в том, что у меня есть кластерный сервер с Torque PBS и я хочу использовать его для запуска сравнения последовательностей с программой rapsearch. Обычная команда RapSearch: ./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v …
02 мар '16 в 15:19
1 ответ

SGE Fast Forward Рабочие номера

Есть ли способ в SGE для ускорения / ускорения пересылки счетчика номеров работ? Я хотел бы, чтобы номер был изначально установлен на что-то больше, чем 1.
10 июл '15 в 15:08
1 ответ

Редактирование файла симуляции, пока он находится в очереди

Скажем, я отправляю файл (file1.pbs) в PBS, и он ставится в очередь. В этом файле я ссылаюсь на второй файл, который будет запускать компьютер (file2.namd). Затем, пока file1.pbs ставится в очередь, я делаю важное изменение в file2.namd. После сохра…
13 июн '16 в 20:25
1 ответ

Взаимозависимость заданий PBS: одно задание начинается, другие отменяются

Я хотел бы представить моделирование в несколько очередей в моем кластере. Как только одна очередь запустит ее, она будет отменена для остальных. Я понимаю, что это потенциально плохо определено, поскольку несколько заданий могут запускаться одновре…
07 июн '18 в 13:55
1 ответ

Как использовать команду qsub -v в крутящем моменте PBS?

Я хотел бы передать переменные в сценарий csh с помощью команды "qsub -v". Я понимаю, что мы можем перечислить пары параметров-значений, как показано ниже, qsub -v par1=value1 par2=value2 myScript.csh Кто-нибудь знает, могут ли значения этих парамет…
18 окт '12 в 21:40
1 ответ

Сделать файл доступным на всех узлах

Я пишу приложение MPI, которое принимает имя файла в качестве аргумента и пытается прочитать из файла, используя обычные функции Си. Я запускаю это приложение на нескольких узлах кластера, используя qsubкоторый в свою очередь использует mpiexec, При…
16 мар '15 в 19:21
2 ответа

Как мне найти текущий процесс, выполняющийся на определенном задании PBS?

Я пытаюсь написать скрипт для обеспечения диагностики процессов. Я отправил скрипт на сервер планирования заданий, используя qsub. Я легко могу найти узел, на который отправляется задание. Но я бы хотел узнать, какой процесс выполняется в данный мом…
22 дек '15 в 01:23
2 ответа

Все ли кластерные планировщики принимают задания массива, и если они это делают, устанавливают ли они идентификатор массива SGE_TASK_ID?

При использовании qsub для размещения заданий массива в кластере глобальной переменной SGE_TASK_ID присваивается идентификатор задания массива. Я использую это в сценарии оболочки, который я запускаю в кластере, где каждое задание массива должно вып…
13 июн '12 в 13:44
2 ответа

Отправка заданий с числовыми аргументами в QSUB с использованием Python

Я хочу запустить функцию Python, скажем, my_fun(x1,x2), на разных узлах кластера с SGE (QSUB). Я создал скрипт my_script.py который принимает числовые аргументы из командной строки, поэтому при локальном запуске я бы назвал его python my_script.py x…
03 июн '16 в 15:51
1 ответ

Вызов сценария bash внутри другого сценария bash с использованием qsub

Я пытаюсь запустить скрипт bash внутри другого скрипта bash, используя qsub (поскольку мне нужно запустить реальную проблему в кластере). Вот демонстрация этой проблемы. У меня есть два сценария следующим образом: Сценарий 1: #!/bin/bash -f sh ./scr…
26 май '17 в 03:52
0 ответов

Отправка заданий с использованием qsub в matlab r2012a

Я выполняю код, который включает в себя цикл, где я делю свою задачу и отправляю ее с использованием qsub в качестве различных заданий. Например, я звоню: function searchweights() startup distrJobs('UseMAR',false); distrJobs('UseMAR',true); end; fun…
19 апр '13 в 10:49
2 ответа

Как использовать команду qsub -v в крутящем моменте PBS со скриптом perl?

Я хотел бы передать переменные в сценарий Perl с помощью команды "qsub -v". Это скрипт Perl, который я бы запустил (это просто тест, но если он не работает, я не могу сделать что-нибудь более сложное) #!/usr/bin/perl use Getopt::Long; $result = GetO…
25 мар '13 в 17:09
0 ответов

Sun Grid Engine приостанавливает и сохраняет состояние задания путем перезапуска узла выполнения

Я запускаю некоторые тесты в кластере, которые требуют от меня перезапустить узел выполнения, но не мастер. Мне было интересно, как я мог приостановить работу, которая в данный момент выполняется, перезапустить exec. хост, и продолжайте выполнять эт…
18 июл '14 в 22:51
1 ответ

Как использовать SSH для запуска локального сценария в сценарии qsub между двумя кластерами?

Я программирую скрипт для операций на 2 кластерах. Моя цель - сфокусировать только один кластер, это означает, что каждый исходный код скрипта находится только на одном кластере. Например, в кластерном A I все сценарии установлены, и теперь я хочу п…
26 мар '13 в 03:13
2 ответа

Как сохранить информацию о задании (qstat) в SGE при отправке в qsub?

При подаче работы я могу предоставить qsub с путем для стандартного вывода и стандартной ошибки. С другой стороны, пока моя работа 12345 выполняется, я могу получить доступ к дополнительной информации, связанной с ней, используя qstat -j 12345, У ме…
03 янв '14 в 20:13
1 ответ

Как перезапустить сбойное задание PBS в кластере (qsub)?

Я запускаю задание PBS (python) в кластере с помощью команды qsub. Мне любопытно узнать, как я могу перезапустить ту же работу с того места, где она не удалась? Любая помощь будет высоко оценена.
12 дек '18 в 22:37
1 ответ

Для Sun Grid Engine qsub, можете ли вы разрешить заданию уведомлять несколько адресов электронной почты?

Я уже некоторое время пользуюсь системой qsub, но впервые столкнулся с некоторыми проблемами: есть ли способ отправить несколько писем на два или более писем? Вот мой заголовок скрипта: #!/bin/bash #PBS -V #PBS -l nodes=1:ppn=20 #PBS -l walltime=12:…
14 дек '18 в 18:20
1 ответ

Молча отправить работу с qsub в SGE

У меня есть скрипт bash, который отправляет сотни заданий, используя qsub в медленно отвечающую очередь SGE (для показа каждого идентификатора задания требуется хорошая секунда). Чтобы обойти этот трудоемкий процесс и не убить мой скрипт при выходе …
17 апр '13 в 22:40