Различные инструменты Blast

Question

Я в настоящее время ищу коммерческие против некоммерческих инструментов взрыва. Я несколько раз использовал взрыв NCBI для своих локальных поисков, но сейчас я ищу интересные альтернативы. Во время поиска я нашел некоторые интересные результаты, такие как CUDA-Blast, GPU-Blast, WU-Blast, BlastStation2, mpiBlast и Turboblast. Кто-нибудь сталкивается с этими инструментами? Или есть какие-то похожие инструменты, такие как BlastStation2, которые я пропустил? Какие важные коммерческие или некоммерческие инструменты взрыва я пропустил?

Я действительно ценю твою помощь.

Спасибо,

Beeth

Answer 1

Вы можете проверить http://www.sequenceserver.com/ Это с открытым исходным кодом. Это действительно позволяет быстро настроить локальный сервер BLAST, к которому вы получаете веб-интерфейс. (Это означает, что вы можете поделиться этим с коллегами тоже).

Отказ от ответственности: я один из разработчиков.

Ура,

Янник

Answer 2

Вы также должны взглянуть на программы FASTA, которые предоставляют те же функции сравнения и многое другое. Программы FASTA могут производить вывод BLAST, поэтому аналитические конвейеры нуждаются в минимальной модификации.

http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta