Взорвать все данные из файла с одним файлом fasta, чтобы найти какие-либо выравнивания
Я хочу уничтожить все данные Файла из файла fasta_files(там более 100 файлов фа) с 15SAPIs_integrases_nt, чтобы найти, есть ли какие-либо выравнивания, я использую следующий код в окне bach:
для меня в $(ls fasta_files); do makeblastdb -in ${i} -dbtype 'nucl' -out ${i}.contigs.fasta.index; blastn -query 15SAPIs_integrases_nt.fasta -db ${i}.contigs.fasta.index -out ${i}.blast.out -num_alignments 100 -num_threads 5 -best_hit_score_edge 0.1 -word_size 4 -evalue .001 -outfmt 8; сделанный
Вывод данных должен быть в таблице Excel 