Запустите RapSearch-программу с Torque PBS и qsub.

Question

Моя проблема в том, что у меня есть кластерный сервер с Torque PBS и я хочу использовать его для запуска сравнения последовательностей с программой rapsearch. Обычная команда RapSearch:

./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32

Теперь я хочу запустить его с 2 узлами на кластер-сервере. Я пробовал с: echo "./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32" | qsub -l nodes=2 но ничего не случилось

У вас есть какие-нибудь предложения? Где я не прав? Помогите, пожалуйста.

Answer 1

Стандартные файлы вывода (и вывода ошибок) по умолчанию размещаются в вашем домашнем каталоге; взглянуть. Вы ищете файл с именем STDIN.e[numbers], он будет содержать сообщение об ошибке.

Тем не менее, я вижу, что вы используете ./rapsearch но на самом деле вы не знаете, в каком каталоге вы находитесь. Поэтому ваша проблема, вероятно, заключается в изменении каталога на тот, из которого вы отправили. Когда ваш терминал находится в каталоге исполняемого файла Rapsearch, попробуйте echo "cd \$PBS_O_WORKDIR && ./rapsearch [arguments]" | qsub [arguments] представить свою работу в кластер.

Другие советы:

1. Вы можете добавить Rapsearch на свой путь, если вы используете его часто. Тогда вы можете использовать его как обычную команду где угодно. Это вопрос добавления строки export PATH=/full/path/to/rapsearch/bin:$PATH на ваш .bashrc файл.

2. Создайте скрипт отправки для использования с qsub. Вот хороший пример.