Описание тега allen-sdk
Allen SDK предоставляет код Python для обработки данных из Allen Brain Atlas.
1
ответ
allen-sdk get_flourescence_timeStamps
Я полагаю, что загружаю файлы NWB правильно, так как могу без проблем получать информацию о следах и стимулах df/F. Тем не менее, я получаю сообщение об ошибке при попытке вызвать "get_running_speed": AttributeError: у объекта 'BrainObservatoryNwbDa…
05 дек '17 в 03:35
1
ответ
Получить список подходящих идентификаторов модели GLIF
Я хочу посмотреть статистику по многим ячейкам параметров модели GLIF, которые уже установлены в базе данных. Из руководства [1] я понимаю, как получить подогнанные параметры отдельной модели с помощью GlifApi(). Get_neuronal_models_by_id(neuron_mod…
08 мар '18 в 13:16
1
ответ
TypeError при запуске записной книжки Cell Types из AllenSDK
Я запускаю первые строки записной книжки типов клеток: sweep_number = 30 sweep_data = data_set.get_sweep(sweep_number) И я получаю эту ошибку: --------------------------------------------------------------------------- TypeError Traceback (most rece…
04 мар '18 в 03:43
1
ответ
Получение данных микрочипа по координатам MNI
Как я могу написать запрос в RESTful чтобы получить данные микро-массив человека по MNI координат? Я хотел бы вытащить CSV всех измеренных микроматрицей уровней экспрессии генов в объеме пространства MNI. Или по структуре, но с MNI координаты каждог…
20 фев '19 в 10:05
1
ответ
Аллен Мозговая обсерватория - get_stimulus_template не работает со static_gratings
Я анализирую данные эксперимента со стимулом static_gratings. В документации SDK сказано, что функция get_stimulus_template может принимать в качестве аргумента любой стимул, используемый в запрашиваемом эксперименте. Я вызвал list_stimuli() в экспе…
09 май '17 в 14:18
1
ответ
Как получить кластер, к которому принадлежит ячейка, используя AllenSDK?
На странице "Клеточная таксономия зрительной коры мыши " в разделе "Исследование данных" в верхней строке показан список имен кластеров ячеек зрительной коры мыши: Вопрос: Как узнать идентификатор кластера, которому принадлежит эта ячейка, учитывая …
09 май '18 в 15:19
1
ответ
Институт мозга Аллена - примеры API-интерфейсов подключения мыши и кэша подключения мыши
Я пытаюсь следовать sdk Mouse Connectivity и заставить их два примера работать. pd возвращает None или все эксперименты по плотности сигнала проекции. Почему это может быть? from allensdk.api.queries.mouse_connectivity_api import MouseConnectivityAp…
28 авг '15 в 00:21
1
ответ
Ошибка записной книжки Обсерватории мозга - объект DataFrame не имеет атрибута ориентации
Я использую записную книжку Алленовой мозговой обсерватории по адресу: http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/_static/examples/nb/brain_observatory.html Когда я запускаю ячейки 16 и 17, после запуска ячейки 17 я получаю эту ошибку: AttributeError:…
13 апр '17 в 16:58
0
ответов
Список всех допустимых параметров и критериев, которые могут использоваться в запросах RMA
Я хотел бы получить конкретные модели нейронов, и, хотя я полагаю, что понимаю систему запросов RMA, я не могу найти список допустимых ключевых слов / аргументов / критериев / параметров, которые бы соответствовали тому, что я ищу. Например, "homo s…
30 окт '18 в 12:09
1
ответ
Анаконда алленсдк модель НЕЙРОН
Я скачал модель нейрона Аллена: Nr5a1-Cre VISp layer 2/3 473862496 Установленная Anaconda со всеми необходимыми пакетами, имеет НЕЙРОН: https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html теперь, как я могу использовать пакет allensdk для запуска…
21 сен '16 в 19:19
1
ответ
Где я могу найти данные, которые были возвращены allensdk.CellTypesCache.get_cells()
До версии 0.14.5 allensdk CellTypesCache.get_cells() функция вернула большую вложенную структуру, содержащую информацию о морфологии клетки, особенностях ephys, местоположении, анатомической структуре, донорах ткани и т. д. В версии 0.14.5 возвращае…
10 июл '18 в 17:55
1
ответ
Институт мозга Аллена - пример мозговой обсерватории
Я пытаюсь последовать примеру мозговой обсерватории ipython notebook. Тем не менее, я застрял, загружая nwb файл как ниже. from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifes…
23 авг '16 в 05:04
1
ответ
Получите больше метаданных из исследования Нейротрансмиттер с использованием Allen SDK
Я загружаю все изображения из исследования нейротрансмиттера Аллена Мозга, используя этот скрипт: from allensdk.api.queries.image_download_api import ImageDownloadApi from allensdk.config.manifest import Manifest import pandas as pd import os #getti…
24 фев '19 в 15:37
1
ответ
Как мне найти события регуляризации L0 для конкретного идентификатора ячейки?
Это вопрос об API обсерватории Аллена. Я пытаюсь найти как маску ROI, так и события регуляризации L0 для каждой ячейки в конкретном эксперименте. Я знаю, как получить информацию о маске ROI для конкретного идентификатора ячейки, но я не знаю, как по…
06 сен '19 в 23:11
1
ответ
Как разобрать словарь, представляющий дендрограмму, чтобы создать другой словарь, представляющий все родительские и дочерние узлы?
Я работаю с данными RNA-seq мыши Allen Brain и из файла dend.json при условии, что я хочу создать словарь, в котором ключ является родительским узлом, а значением будет узлы, на которые родительский узел разбивается или к которым ведет. Вы можете ув…
11 мар '20 в 22:54
1
ответ
Извлечение временных рядов из базы данных AllenSDK ephy
Я ищу библиотеку AllenSDK. Можно ли извлечь временной ряд (напряжение ячейки во времени) сделанных ими записей для оценки различных параметров? Я могу найти, как получить доступ к параметрам, но мне очень интересны их следы. Кто-нибудь может с этим …
03 сен '19 в 08:44
0
ответов
Пробовал образец кода модели GLIF из документации и получил странные выходные графики
Я попытался скопировать код с веб-сайта: https://allensdk.readthedocs.io/en/latest/glif_models.html для запуска моделирования GLIF и графического отображения результатов, но мои результаты не кажутся мне понятными. Я приложил изображения двух стимул…
01 сен '20 в 03:50
0
ответов
Загрузите изображения набора данных раздела ISH из Института Аллена Анализ мозга с метаданными генов / зондов и возраста доноров
Я пытаюсь получить все ISH-изображения Brainspan для всех наборов данных секций, принадлежащих пренатальному возрасту (3 донора), и только из 3 структур: зрительной коры, префронтальной коры и «мозга» . т.е. эксперименты, перечисленные в этом поиске…
18 фев '21 в 03:51
0
ответов
Можно ли рассчитать общий объем нейрона на основе его файла реконструкции SWC?
Я пытаюсь получить общий объем интересующих нейронов с помощью пакетов Python Allen SDK. Когда я делаю reconstruction = ctc.get_reconstruction(555241040), например, я получаю SWC-файл этого нейрона. Можно ли получить общий объем нейрона (в мкм ^ 3),…
18 май '21 в 05:59
0
ответов
Проблема с набором данных. Значения в кодах AllenSDK
Я начинающий пользователь кодов AllenSDK. Я выполнил процедуру установки, описанную на их веб-сайте, установив также все связанные зависимости. Я попытался создать простой пример кода, приведенный в https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/glif_mod…
25 май '21 в 14:14