Где я могу найти данные, которые были возвращены allensdk.CellTypesCache.get_cells()

Question

До версии 0.14.5 allensdk CellTypesCache.get_cells() функция вернула большую вложенную структуру, содержащую информацию о морфологии клетки, особенностях ephys, местоположении, анатомической структуре, донорах ткани и т. д. В версии 0.14.5 возвращаемая структура плоская и намного меньше.

Я вижу, что часть этой информации доступна через get_ephys_features() а также get_morphology_features(), но я не уверен, где найти остальное. Где я могу узнать, как перенести мой код в новую версию allensdk?

Answer 1

Отличный вопрос Мы упростили возвращенный словарь из CellTypesCache.get_cells по нескольким причинам:

1. Было большое количество полей, которые были различны: необъяснимые, бесполезные, отвлекающие и / или избыточные с данными, возвращаемыми из других функций.
2. То, как обрабатывались структуры мозга, очень затрудняло фильтрацию клеток по кортикальному слою по видам.
3. Запрос включал большое количество объединений и был довольно медленным.

(2) было, вероятно, самой неотложной проблемой, которую нам нужно было решить. Новая структура словаря объясняется здесь более подробно:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/wiki/Release-Notes-(0.14.5)

Вы правы, что вам следует искать ephys. и морфологические особенности от CellTypesCache.get_ephys_features а также CellTypesCache.get_morphology_features (или просто CellTypesCache.get_all_features).

Если есть какие-либо поля, которые вы использовали в старой структуре словаря, которые сейчас недоступны в текущем словаре, дайте мне знать, и мы сможем найти их снова.