Получение данных микрочипа по координатам MNI
Как я могу написать запрос в RESTful
чтобы получить данные микро-массив человека по MNI
координат?
Я хотел бы вытащить CSV
всех измеренных микроматрицей уровней экспрессии генов в объеме пространства MNI. Или по структуре, но с MNI
координаты каждого образца микроматрицы.
1 ответ
Они представлены в заархивированных таблицах, которые вы можете скачать здесь:
http://human.brain-map.org/static/download
Есть mni_x
, mni_y
, а также mni_z
столбцы в таблице образцов.
Через RMA вы можете скачать аффинное преобразование T1->MNI для данного донора (например, имя H0351.2001, id 9861) следующим образом:
http://api.brain-map.org/api/v2/data/Specimen/query.xml?criteria=[name$eq'H0351.2001']&include=alignment3d
Возвращение может быть преобразовано в матрицу, подобную этой (синтаксис MATLAB):
M = [ x.tvr_00 x.tvr_01 x.tvr_02 x.tvr_09;
x.tvr_03 x.tvr_04 x.tvr_05 x.tvr_10;
x.tvr_06 x.tvr_07 x.tvr_08 x.tvr_11 ];
Затем вы можете взять координаты T1 XYZ сэмпла, предварительно умножив их на эту матрицу, и вы получите грубые координаты MNI.