Получение данных микрочипа по координатам MNI

Как я могу написать запрос в RESTful чтобы получить данные микро-массив человека по MNI координат?

Я хотел бы вытащить CSV всех измеренных микроматрицей уровней экспрессии генов в объеме пространства MNI. Или по структуре, но с MNI координаты каждого образца микроматрицы.

1 ответ

Решение

Они представлены в заархивированных таблицах, которые вы можете скачать здесь:

http://human.brain-map.org/static/download

Есть mni_x, mni_y, а также mni_z столбцы в таблице образцов.

Через RMA вы можете скачать аффинное преобразование T1->MNI для данного донора (например, имя H0351.2001, id 9861) следующим образом:

http://api.brain-map.org/api/v2/data/Specimen/query.xml?criteria=[name$eq'H0351.2001']&include=alignment3d

Возвращение может быть преобразовано в матрицу, подобную этой (синтаксис MATLAB):

M = [ x.tvr_00 x.tvr_01 x.tvr_02 x.tvr_09;
      x.tvr_03 x.tvr_04 x.tvr_05 x.tvr_10;
      x.tvr_06 x.tvr_07 x.tvr_08 x.tvr_11 ];

Затем вы можете взять координаты T1 XYZ сэмпла, предварительно умножив их на эту матрицу, и вы получите грубые координаты MNI.

Другие вопросы по тегам