Институт мозга Аллена - пример мозговой обсерватории

Question

Я пытаюсь последовать примеру мозговой обсерватории ipython notebook.

Тем не менее, я застрял, загружая nwb файл как ниже.

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850)  # problem here

Итак, я открыл nwb файл от HDFview.

Все мозговая обсерватория nwb файлы не были открыты за исключением 502376461.nwb,

Когда я пытался открыть 502376461.nwb в примере ноутбука ipython от Аллена это сработало!! Но остальные (501940850, 503820068...) не удалось, как указано выше.

Answer 1

Подводя итог темы из github:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

Файлы были частично загружены или повреждены. Во время загрузки не было зарегистрировано никаких исключений, поэтому urllib не должен был заметить проблему.

Разработчики AllenSDK исследуют какую-то проверку целостности файлов и / или другую HTTP-библиотеку.

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

Если другие сталкиваются с этим, вы можете удалить поврежденный файл и повторно запустить функцию загрузки (BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data). Файлы загружаются в подкаталог файла манифеста BrainObservatoryCache, в котором по умолчанию используется текущий рабочий каталог, если он не указан.