Как получить кластер, к которому принадлежит ячейка, используя AllenSDK?
На странице "Клеточная таксономия зрительной коры мыши " в разделе "Исследование данных" в верхней строке показан список имен кластеров ячеек зрительной коры мыши:
Вопрос: Как узнать идентификатор кластера, которому принадлежит эта ячейка, учитывая идентификатор образца клетки зрительной коры мыши (например, 505808144)?
Я могу получить метаданные ячейки через AllenSDK get_cell(id) метод, но возвращенные метаданные, по-видимому, не содержат имя кластера.
1 ответ
Отличный вопрос
База данных типов клеток содержит две группы наборов данных - большие наборы ячеек только для транскриптомики (см. http://celltypes.brain-map.org/download) и один большой набор ячеек с электрофизиологией, некоторые из которых также имеют морфология ( http://celltypes.brain-map.org/data). Подробная информация об обзоре экспериментов и методах, использованных в этих исследованиях, доступна в виде технической документации в разделе "Документация" ( http://help.brain-map.org/display/celltypes/Documentation).
Пример ячейки в вашем вопросе имеет электрофизиологию и морфологию, но не имеет транскриптомики, поэтому она по своей природе не относится к транскриптомному кластеру.
В настоящее время AllenSDK поддерживает загрузку метаданных для клеток с электрофизиологической морфологией, но не только с клетками, предназначенными только для транскриптомики. Вы можете скачать метаданные этих ячеек в виде файлов CSV. Если вы хотите иметь доступ к метаданным транскриптомики из AllenSDK вместо плоских файлов CSV, создайте проблему на трекере проблем AllenSDK ( https://github.com/alleninstitute/allensdk/issues).
Хорошие новости - через пару дней мы выпустим кластерные назначения для большей части данных, которые вы видите здесь ( http://celltypes.brain-map.org/data), включая набор данных визуальной коры мыши. Это будет включать в себя гораздо больше ячеек для некоторых наборов данных. Вы сможете загрузить эти данные, включая кластерные назначения и метаданные, в виде файлов CSV.
Обратите внимание, что данные зрительной коры мыши, доступные в базе данных типов ячеек, представляют собой набор ячеек (и методологию профилирования), отличающийся от данных, приведенных в научном исследовании Cellular Taxonomy.
Спасибо за ваш вопрос!