Анаконда алленсдк модель НЕЙРОН

Question

Я скачал модель нейрона Аллена: Nr5a1-Cre VISp layer 2/3 473862496

Установленная Anaconda со всеми необходимыми пакетами, имеет НЕЙРОН: https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

теперь, как я могу использовать пакет allensdk для запуска своей модели через NEURON,

у них есть своего рода объяснение: http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

но где именно я пишу этот код? Python? Анаконда Промт? Паук?

Не Python и Anaconda не принимают код как есть, поэтому я думаю, что мне нужно сначала получить доступ к пакету allensdk, как мне это сделать?

Спасибо.

Answer 1

Спасибо за вопрос. Первый пример в вашей ссылке на документацию показывает, как загрузить модель, как вы, вероятно, и сделали. Я делаю это, написав скрипт на Python и запустив его из командной строки.

Сценарий выглядит так:

from allensdk.api.queries.biophysical_api import BiophysicalApi

bp = BiophysicalApi() 
bp.cache_stimulus = True # change to False to not download the large stimulus NWB file
neuronal_model_id = 473862496    # here's your model
bp.cache_data(neuronal_model_id, working_directory='neuronal_model')

Вы можете запустить это из командной строки (командная строка Anaconda в порядке) следующим образом:

$ python <your_script_name.py>

Переходя от документации к документу, следующим шагом к запуску модели является выполнение следующего из командной строки:

$ cd neuronal_model
$ nrnivmodl ./modfiles   # compile the model (only needs to be done once)
$ python -m allensdk.model.biophysical.runner manifest.json

Сначала вы заходите в рабочий каталог, который вы указали в первом скрипте.

Затем вы запускаете двоичный файл NEURON (nrnivmodl), который компилирует ваши файлы модов. Вам нужно иметь NEURON с установленными привязками python и на вашем PATH, чтобы запустить это. Я не уверен в этом, но я думаю, что для компиляции модфайлов в Windows требуется другая команда / рабочий процесс. Если это ваша операционная система, я должен отослать вас сюда, так как я не слишком знаком с NEURON в Windows:

https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

Затем вы вызываете скрипт, упакованный с allensdk для запуска моделей на основе одного из файлов, которые мы загрузили в первом скрипте (manifest.json).