Описание тега qiime

QIIME (произносится как "колокольчик") означает количественное понимание микробной экологии. QIIME - это программный пакет с открытым исходным кодом для сравнения и анализа микробных сообществ, в первую очередь основанный на данных высокопроизводительного секвенирования ампликонов (таких как рРНК SSU), сгенерированных на различных платформах, но также поддерживающий анализ других типов данных (таких как дробовик метагеномные данные). QIIME берет пользователей из их сырых выходных данных секвенирования посредством первоначального анализа, такого как выбор OTU, таксономическое назначение и построение филогенетических деревьев из репрезентативных последовательностей OTU, а также посредством последующего статистического анализа, визуализации и создания графики публикационного качества. QIIME применялся к единичным исследованиям, основанным на миллиардах последовательностей из тысяч образцов.

QIIME позволяет анализировать высокопроизводительные данные секвенирования сообщества.