Вызов Qiime с системным вызовом от R

Question

Хей,

Когда я пытаюсь позвонить QIIME с системным вызовом из Rт.е.

system2("macqiime")

R перестает отвечать. Это не проблема с другими программами командной строки, хотя.

некоторые программы не могут быть вызваны из R с помощью system2()?

Версия для MacQIIME: MacQIIME 1.8.0-20140103

Получение переменных среды MacQIIME...

Это то же самое, что и обычная терминальная оболочка, за исключением того, что ваш python по умолчанию - DIFFERENT (/macqiime/bin/python), и в вашем PATH есть другие новые вещи, связанные с QIIME.

(обратите внимание, что мне в первую очередь интересно позвонить QIIME от R Markdown с engine = "sh" что тоже не получается. Но я сильно подозреваю, что проблемы связаны)

Answer 1

По моему опыту, когда вы вызываете Qiime из командной строки Unix, он обычно создает собственную виртуальную оболочку для запуска своих команд, которая отличается от обычных системных команд, таких как ls или mv. Я подозреваю, что вы не сможете запустить Qiime изнутри R, если вы не эмулируете ту же оболочку или конфигурацию, которая требуется Qiime. Я попытался запустить его из скрипта Python и не удалось.