Как запустить команды qiime2, установленные в миниконде из виртуальной среды python 3.6
У меня есть колба, работающая в виртуальной среде Python 3.6, и мне нужно запустить команды qiime2 из этого приложения. qiime2 устанавливается внутри виртуальной среды Miniconda. В моем Ubuntu есть Python 3.6 в / usr / bin, но "which python" возвращает: /home/****/miniconda3/bin/python с версией 3.7.1
Я использовал "subprocess.run" для запуска команд qiime2. Но некоторые команды (например, demux, quality-filter) работают, а некоторые (например, deblur) выдают следующую ошибку:
[Errno 2] Нет такого файла или каталога: 'deblur'
Мой subprocess.call, как показано ниже:
qiime_runner = '/home/***/miniconda3/envs/qiime2-2018.11/bin/qiime'
cmd = qiime_runner + " " + command_with_args
p = subprocess.run(cmd, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, shell=True)
Я также попытался вручную активировать среду conda, как показано ниже:
cmd = '/home/****/miniconda3/bin/activate;' + cmd
Но все равно это не работает. Если я запускаю команду из терминала в среде qiime2 conda, она работает.
Мы должны запустить приложение фляги в среде Python.
Может кто-нибудь, пожалуйста, помогите мне с некоторыми идеями?
С Уважением,