Описание тега pybel
Pybel предоставляет удобные функции и классы, которые упрощают использование библиотек Open Babel из Python. Источник: страница Python Pybel на openbabel.
0
ответов
ImportError при импорте pybel
Когда я пытаюсь импортировать pybel внутри ноутбука Jupyter, я получаю следующую ошибку: C:\Users\cerem\Anaconda2\lib\site-packages\pybel\resources\definitions\__init__.py in <module>() 1 # -*- coding: utf-8 -*- 2 ----> 3 from . import anno…
21 май '18 в 08:42
0
ответов
Могу ли я перехватить предупреждающие сообщения во время преобразования формата в pybel?
У меня есть список молекул в формате SMILES, которые я конвертирую в формат InChIKey. Тем не менее, некоторые из них генерируют предупреждения. Я хотел бы иметь возможность создать файл, показывающий предупреждения, сгенерированные в процессе преобр…
04 янв '19 в 22:34
0
ответов
Ошибка при создании исполняемого файла для скрипта Python
Я создал приложение, используя python2.7, также использовал pyqt для графического интерфейса. Я также использовал модуль pybel для вычислений. мой python-файл приложения работает правильно. но когда я пытаюсь создать исполняемый файл из этого файла …
19 апр '13 в 04:39
2
ответа
Получить свойства остатка из файла pdb
У меня есть файл pdb, и я хочу проанализировать pdb, используя python, и я хочу найти следующее для остатков в pdb: 1. hydrophobicity 2. interface topology 3. solvent accessible surface area Я пытался использовать Pybel file_name = "4hhb.pdb" allmol…
17 янв '14 в 06:22
1
ответ
Перенаправить логи в файл в Pybel?
Аналогично этому посту, но вместо изменения уровня ведения журнала я бы хотел перенаправить всю информацию регистрации в файл. Я считаю, что соответствующий вызов API: pybel.ob.obErrorLog.SetOutputStream() или же: pybel.ob.OBMessageHandler().SetOutp…
21 июн '18 в 22:53
2
ответа
Как установить pybel в среде conda?
Я попытался установить pybel в conda, но на самом деле он не работает, хотя установка выглядит нормально, все функции API модуля отсутствуют. me$ conda create --name py34 python=3.4 Fetching package metadata ................. Solving package specifi…
14 фев '18 в 21:03
3
ответа
Как отключить зарегистрированные предупреждения в Pybel?
Я использую Pybel - оболочку Python вокруг API OpenBabel, и я пытаюсь отключить такие предупреждения: ============================== *** Open Babel Warning in ParseComplex Illegal aromatic element b- Мои предупреждения постоянно звучали, когда из ЧЭ…
18 май '18 в 21:15
0
ответов
Сохранение и организация нескольких файлов.svg в многостраничный PDF, PNG или другие распространенные типы файлов изображений в Python
Цель: я хочу иметь возможность систематизировать многие SVG-изображения структур Льюиса / Кекуле в единый список реакций, отображаемый в каком-то обычном файле просмотра, например PDF или PNG; то есть каждая реакция может занимать одну строку с реаг…
17 авг '16 в 23:36
0
ответов
Как я могу прочитать файл SDF в Python?
Я работаю в проекте, для которого мне нужно прочитать разные SDF-файлы и сравнить два набора молекул в них. Проблема в том, что я не могу их открыть. Я пытался с Pybel и RDKit безрезультатно. Выполнение следующего кода возвращает: from cinfony impor…
17 июл '18 в 18:42
1
ответ
Поиск сходства с использованием кода SMILES
В настоящее время я занимаюсь разработкой веб-системы, которая будет хранить естественную информацию о соединениях. В этой системе будет функция, при которой пользователь будет вводить код смайлов, а система будет выполнять поиск по сходству или по …
06 ноя '17 в 06:16
1
ответ
Отпечатки пальцев с использованием модуля Python под названием Pybel
Я хочу получить отпечатки пальцев, используя улыбки соединений. Я сделал, но проблема в том, что я хочу получить более высокий бит и формат списка, чтобы я мог рассчитать длину списков. В этом случае я просто получаю занятия. Любое решение в Python …
16 июл '15 в 13:55
0
ответов
Не удается перехватить / перенаправить предупреждения OpenBabel в python/pybel
Я использую pybel для преобразования 1000 строк SMILES в базе данных в каноническую форму. Когда я делаю это, я получаю около 300 предупреждений. Большинство из них: ============================== *** Open Babel Warning in OpenBabel::OBSmilesParser:…
13 мар '19 в 18:29
1
ответ
"IndexError: список индексов вне диапазона" в "import pybel"
Я работаю над веб-приложением django, когда я устанавливаю openbabel и пытаюсь импортировать pybel, у меня появляется ошибка Я использую venv это было активировано, когда я делал все эти команды Я устанавливаю openbabel так: sudo apt-get install pyt…
13 май '19 в 13:13
0
ответов
pybel: объект 'module' не имеет атрибута 'readstring'
Есть ли недавние изменения в pybelбиблиотека. У него нет методаreadstring() а также readfile(). Один из форумов рекомендовал использовать openBabel, но нет достаточной документации. C:\Windows\system32>python Python 2.7.17 (v2.7.17:c2f86d86e6, Oc…
13 янв '20 в 21:12
0
ответов
объединить объекты молекул в пиматген
У меня есть две молекулы в двух отдельных файлах xyz: benzene.xyz и methane.xyz. Я хотел бы создать молекулу метилбензола (C7H8) из этих двух, используя пиматген. Сначала я определил функцию, которая использует pybel для чтения объекта pymatgen и во…
10 апр '20 в 14:29
2
ответа
импорт оболочки openbabel pybel для macos без conda
Ранее я спросил, как установить openbabel для MacOS здесь. Теперь мне также нужно установить оболочку pybel для openbabel. Я старалсяpip install pybelи он был установлен. Затем, пока я следил за инструкцией, import openbabel import pybel mymol = pyb…
13 май '20 в 11:11
1
ответ
Как установить опенбабель
Я установил OpenBabel для Mac, используя: brew install open-babel Я попытался работать с pyenv версии 3.9.0 и получил следующую ошибку: ImportError: dlopen(/Users/mac_hd/.pyenv/versions/testGUIenv22/lib/python3.9/site-packages/openbabel/_openbabel.c…
02 янв '21 в 08:49
1
ответ
TypeError: '>=' не поддерживается между экземплярами 'tuple' и 'float'
Я пытаюсь написать небольшой скрипт на Python, который вычисляет индекс сходства Танимото между интересующей молекулой и базой данных молекул. Я использую пибел. База данных в формате .smi содержит химическую информацию о молекулах в первом столбце …
27 июл '22 в 09:58