импорт оболочки openbabel pybel для macos без conda

Question

Ранее я спросил, как установить openbabel для MacOS здесь. Теперь мне также нужно установить оболочку pybel для openbabel. Я старалсяpip install pybelи он был установлен. Затем, пока я следил за инструкцией,

import openbabel
import pybel
mymol = pybel.readstring("smi", "CCCC")

Получила следующую ошибку:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: module 'pybel' has no attribute 'readstring'

Оказывается, у других людей были похожие проблемы, и на самом деле я нашел в списке рассылки, что цитирую

'Я думаю, вы установили pybel через pip install pybel, что является "неправильным" пыбель

Затем они дают решение, которое pip install openbabel, что невозможно для macos.

Решение - использоватьconda чтобы установить openbabel, но я не использую conda, и я хотел бы сохранить его таким образом, поэтому я ищу решение, которое не требует conda.

Answer 1

Я нашел решение, можно brew install open-babelа затем укажите путь к самодельной библиотеке сайтов-пакетов python. Для меня работает следующее:

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.8/site-packages')

Тогда ты можешь

import openbabel
from openbabel import pybel

и так далее.

Answer 2

У меня точно такая же проблема. Он работает со следующим кодом:

from openbabel import pybel
mymol = pybel.readstring("smi","CCN(CC)CC")
mymol