Описание тега pymatgen
Pymatgen (Python Materials Genomics) - это надежная библиотека Python с открытым исходным кодом для анализа материалов.
1
ответ
Как получить все углы связи внутри конструкции, используя пиматген?
Итак, используя pymatgen, у меня есть объект структуры. То, что я хочу сделать, это получить все углы связи внутри структуры. Я мог бы зациклить каждый атом, чтобы получить все углы связи, но это включало бы каждый атом, независимо от того, наскольк…
11 фев '17 в 17:58
0
ответов
Как интерпретировать LocalStructureParams в pymatgen
Используя следующий скрипт: from pymatgen import Structure from pymatgen.analysis.local_env import LocalStructOrderParams structure_from_cif = Structure.from_file("MoS2_mp-1027525_primitive.cif") s = structure_from_cif types = ["cn", "sgl_bd", "bent…
16 фев '19 в 19:39
1
ответ
Преобразование примитивной структуры в обычный стандарт с пиматгеном?
Как мне преобразовать примитивную структуру в стандартное стандартное представление с pymatgen?
05 окт '17 в 21:48
1
ответ
Простая фазовая диаграмма с использованием пиматгена
Я знакомился с пакетом pymatgen и должен составить фазовые диаграммы. На этой веб- странице есть краткое руководство, в котором рассказывается, как составить троичную диаграмму, но на самом деле я хочу сделать гораздо более простую из чисто материал…
15 ноя '16 в 02:32
1
ответ
Pymatgen- установка модулей [pymatgen.apps.borg.queen]
Это очень простой вопрос, но я застрял. Я установил pymatgen и следую инструкциям по фазовой диаграмме. Когда я пытаюсь импортировать pymatgen.borg, он выдает ошибку Я думаю, мне нужно установить pymatgen.borg, чтобы установить модуль pymatgen.borg.…
22 ноя '18 в 03:18
3
ответа
Как установить pymatgen для Python 2.7.x, а не 3.6
Модуль pymatgen должен работать для Python 2.7.x или 3. Доступны файлы для обоих ( https://anaconda.org/matsci/pymatgen/files). Мой Python (sys.version) - 2.7.11. Я попытался установить со стандартным: "conda install -c mastic pymatgen", но возвраща…
24 май '17 в 22:58
0
ответов
Добавить атомы случайным образом вокруг атома в VASP Poscar, используя Pymatgen
Я пытаюсь найти все атомы типа A в VOSP POSCAR, а затем случайным образом добавить "n" атомов типа B в сферу радиуса ("r") с центром в каждом месте атома типа A с помощью пиматгена и возвращать каждый раз, когда новый POSCAR.
25 ноя '18 в 04:51
0
ответов
Магнитные моменты относительно осей кристалла?
Я использую pymatgen для записи файлов.mcif. Мои структуры всегда имеют коллинеарные магнитные моменты величиной 4 вдоль z, но перед записью их в файл я заметил, что pymatgen преобразует их с помощью функции Magmom.get_moment_relative_to_crystal_axe…
17 окт '18 в 11:13
0
ответов
Как мы можем обойти документ BSON слишком большой ошибкой в pymatgen?
Я пытаюсь загрузить базу данных проекта Project Local и использую MPRester для этого. Я продолжаю сталкиваться с проблемами размеров, когда речь идет о тройных и четвертичных материалах. Вот пример кода, который я использую для загрузки четвертичных…
02 мар '19 в 14:44
1
ответ
Pymatgen XRD Plot
Я следую учебнику по XRD, и, как сказано в этом учебнике, я импортировал from pymatgen import Lattice, Structure from pymatgen.analysis.diffraction.xrd import XRDCalculator from IPython.display import Image, display %matplotlib inline И после опреде…
23 ноя '18 в 00:54
1
ответ
Что представляет собой список координат рядом с декартовыми координатами атома в соседнем списке
Я пытался проанализировать результат, полученный с помощью pymatgen.analysis.local_env модуль с использованием подхода min_dist с использованием следующего скрипта: from pymatgen.analysis.local_env import structure_from_cif = Structure.from_file("mp…
24 янв '19 в 22:07
1
ответ
Пирамидальный черчение DOS
Я пытаюсь построить DOS (плотность состояний) с пиматгеном, но я не могу заставить его работать. Первое знакомство self а также class функции в Python, поэтому я в растерянности. Эта ссылка объясняет пакет, который имеет нужную мне функцию (мне нужн…
21 фев '17 в 20:19
0
ответов
Извлечение координат и типов атомов из объекта структуры pymatgen
Каков синтаксис для извлечения списка атомных координат, [[x1, y1, z1], [x2, y2, z2], ...] и списка атомных видов, например. [1,1,1,1,...] из объекта структуры pymatgen?
18 июн '19 в 11:13
0
ответов
Назначение списка подмножества в списке списков в виде массива и замена строк внутри
В pymatgen У меня есть квази-список из 4 списков, которые я пытаюсь представить в виде матрицы 2x1. l = [["C",1], ["C",2], ["C",3], ["C",4]] Это означает, что я хочу подмножество (первая пара) ["C",1], ["C",2] как первый ряд и вторая пара ["C",3], […
28 янв '20 в 02:41
0
ответов
Получение различных файлов INCAR для 'mp-22590' с помощью MPRester.query () в pymatgen и с веб-сайта проекта материалов
Я получаю разные файлы INCAR для идентификатора mp-22590, используя MPRester.query() в pymatgen и с веб-сайта проекта материалов. используя MPRester.query(): mpr = MPRester('My_API_key') data = mpr.query('mp-22590',['input.incar'])[0] INCAR, который…
02 июн '20 в 09:44
0
ответов
ОШИБКА: не удалось построить колеса для spglib, которые используют PEP 517 и не могут быть установлены напрямую
Я хочу установить pymatgen через cmd, есть подпакет spglib. Каждый раз, когда я пытаюсь установить pymatgen, всегда появляется сообщение: "ОШИБКА: не удалось создать колеса для spglib, которые используют PEP 517 и не могут быть установлены напрямую"…
23 авг '20 в 09:27
0
ответов
объединить объекты молекул в пиматген
У меня есть две молекулы в двух отдельных файлах xyz: benzene.xyz и methane.xyz. Я хотел бы создать молекулу метилбензола (C7H8) из этих двух, используя пиматген. Сначала я определил функцию, которая использует pybel для чтения объекта pymatgen и во…
10 апр '20 в 14:29
0
ответов
Как распечатать подсписки (строку) из списка с помощью цикла for в python3?
Я пытаюсь использовать цикл for для получения каждого подсписка из списка, подобного списку ниже. Мой цикл for работал, но они дают мне только последний элемент списка 11 раз. Мне нужна помощь, пожалуйста. for i in range(len(add_h2o_ver)): print(i,e…
21 май '20 в 02:02
0
ответов
Загрузить данные с топологической классификацией
В базе данных материалов проекта в части электронной структуры соединений есть тег "Топологическая классификация". Мне интересно, можно ли эти данные добавить в свойства запроса? properties = ["pretty_formula", "cif", "material_id"]
08 июн '20 в 18:59
2
ответа
Ошибка IProgress при запросе материала через MPRester
Я использую python 3.8 в spyder3. Я получаю сообщение об ошибке при выполнении: mp=MPRester('api key') data = mp.query(criteria={}, properties=['task_id']) #this line raises error Ошибка: NameError: name '**IProgress**' is not defined. Во время обра…
08 июн '20 в 18:43