Как я могу прочитать файл SDF в Python?
Я работаю в проекте, для которого мне нужно прочитать разные SDF-файлы и сравнить два набора молекул в них. Проблема в том, что я не могу их открыть. Я пытался с Pybel и RDKit безрезультатно.
Выполнение следующего кода возвращает:
from cinfony import pybel, rdk
from rdkit import Chem
suppl = Chem.SDMolSupplier('test.sdf')
mol = None
for mol in suppl:
mol.GetNumAtoms()`
IOErrorTraceback (последний вызов был последним) в () 11 # сосед_коорды = pybel.atom(сосед).coords 12 ---> 13 suppl = Chem.SDMolSupplier('test.sdf') 14 моль = нет 15 для моль в suppl:
IOError: Ошибка файла: неверный входной файл test.sdf
Как правильно загрузить файлы? Заранее спасибо.