Не удается перехватить / перенаправить предупреждения OpenBabel в python/pybel

Question

Я использую pybel для преобразования 1000 строк SMILES в базе данных в каноническую форму. Когда я делаю это, я получаю около 300 предупреждений. Большинство из них:

==============================
*** Open Babel Warning  in OpenBabel::OBSmilesParser::ParseSmiles
  Ignoring stereochemistry. Not enough connections to this atom. 
==============================

Я думаю, никто не думал, что было бы важно включить строку с проблемой.

Я предполагал, что предупреждения будут написаны sys.stderr, Видимо, это правда, потому что эта командная строка: python foo.py 2> err.txt отправил предупреждения в файл. Но предупреждения оказались забуференными. Поэтому я попытался смывать sys.stderr до и после записи строки для преобразования, как показано ниже.

def canonicalize(smiles):
    """
    Returns canonical form of a SMILES string.  Uses OpenBabel.
    """
    print(file=sys.stderr, flush=True)
    print(smiles,file=sys.stderr,flush=True)
    canonicalizer = OBConversion()
    canonicalizer.SetOutFormat('smi')
    canonicalizer.SetOptions('inc', OBConversion.OUTOPTIONS)
    c = canonicalizer.WriteString(readstring('smi', smiles).OBMol)[:-1]
    print(file=sys.stderr, flush=True)
    print("----->", c, file=sys.stderr)
    print(file=sys.stderr, flush=True)
    return  c

Но я все еще получаю асинхронные результаты. (Как вы можете видеть по номерам строк в этом поиске, предупреждения выходят в группе, на самом деле около 35 предупреждений в этом скоплении.)

Line 2965:   Ignoring stereochemistry. Not enough connections to this atom. 
Line 2968:   Ignoring stereochemistry. Not enough connections to this atom. 
Line 2971:   Ignoring stereochemistry. Not enough connections to this atom. 
Line 2974:   Ignoring stereochemistry. Not enough connections to this atom. 
Line 2977:   Ignoring stereochemistry. Not enough connections to this atom. 

Как я могу записать свою трассировку в то же место, что и OpenBabel, либо перенаправив его поток на stderr в python, либо захватив его поток и записав в него из python, либо просто сбросив его буферы из python?