Описание тега openbabel
OpenBabel is a popular set of tools and a library used to read, write, analyze and modify chemical and biochemical structures.
0
ответов
Могу ли я перехватить предупреждающие сообщения во время преобразования формата в pybel?
У меня есть список молекул в формате SMILES, которые я конвертирую в формат InChIKey. Тем не менее, некоторые из них генерируют предупреждения. Я хотел бы иметь возможность создать файл, показывающий предупреждения, сгенерированные в процессе преобр…
04 янв '19 в 22:34
1
ответ
g++ ссылка на разделяемую библиотеку не компилируется
У меня есть эти файлы общей библиотеки в / usr / local / lib: libopenbabel.so libopenbabel.so.4 libopenbabel.so.4.0.2 libopenbabel.so - это ссылка на libopenbabel.so.4, а libopenbabel.so.4 - это ссылка на libopenbabel.so.4.0.2 когда я компилирую сво…
22 мар '14 в 07:18
2
ответа
Как мне использовать python-openbabel в Travis CI?
Я использую Travis CI как часть проекта картирования токсикологии. Для этого проекта мне требуется python-openbabel в качестве зависимости. Поэтому я добавил установщик apt-get в файл.travis.yml, показанный ниже (комментарии удалены). language: pyth…
02 мар '14 в 14:29
1
ответ
Open Babel не может конвертировать из mol2 в png, потому что библиотека Cairo не загружена
Сначала я установил Open Babel через brew. Когда я попытался запустить команду: "obabel -:"CC(=O)Cl" -opng -O mymol.png", я получил это сообщение об ошибке: "Ошибка открытия Babel в формате PNG PNG2Format не найдена. Вероятно, библиотека Каира не за…
13 мар '17 в 21:20
1
ответ
Перенаправить логи в файл в Pybel?
Аналогично этому посту, но вместо изменения уровня ведения журнала я бы хотел перенаправить всю информацию регистрации в файл. Я считаю, что соответствующий вызов API: pybel.ob.obErrorLog.SetOutputStream() или же: pybel.ob.OBMessageHandler().SetOutp…
21 июн '18 в 22:53
1
ответ
Запустите внешнюю программу для каждого элемента списка
Я пытаюсь вызвать внешнюю программу (Openbabel) для каждого элемента (молекулы) в списке молекул (формат SMILES). Тем не менее, я продолжаю получать ту же ошибку: /bin/sh: 1: Syntax error: "(" unexpected (expecting ")"). Что не так с моим кодом? fro…
03 авг '17 в 12:06
1
ответ
Программа C++ компилируется на двух разных машинах. Общая библиотека работает правильно на одном. С другой стороны, методы класса возвращают NULL
Я пытаюсь написать несколько программ, используя библиотеки openbabel, одна из которых - простая программа для извлечения данных из файла sdf. Но одна из функций у меня FormatFromExt не работает. Вызов функции возвращает NULL независимо от того, как…
30 апр '14 в 04:20
1
ответ
Как установить openbabel для Python 3.6 на macOS Sierra 10.12.3
Я использую Python для создания сценария для работы с некоторыми химическими структурами в моей докторской диссертации. Я хочу установить библиотеки openbabel для python. Я старался изо всех сил, но я не мог установить его на Windows. Ранее я опубли…
13 фев '17 в 01:11
2
ответа
Как установить openbabel для Python 3.6 в Windows 10?
Я использую Python для создания сценария для работы с некоторыми химическими структурами в моей докторской диссертации. Я хочу установить библиотеки openbabel для python. Я старался изо всех сил, но я не мог установить его. Это всегда дает ошибку:Er…
10 фев '17 в 04:02
1
ответ
Есть ли PhP-оболочка OpenBabel?
Мы используем это для клиентов, чтобы генерировать изображения, но мы должны предоставить изображения в обратном порядке. Будет хорошо, если OpenBabel выдаст нам поток, который можно перенаправить автоматически.
12 авг '15 в 09:40
0
ответов
Open Babel: как создать несколько выходных файлов (разделить вход)?
У меня есть файл.pdb, содержащий несколько конформеров одной молекулы. Теперь я хочу преобразовать каждый из этих конформеров в отдельный файл.xyz. Согласно открытой помощи Babel, это может быть сделано с -m вариант. -m Produces multiple output file…
16 апр '15 в 13:23
3
ответа
Как отключить зарегистрированные предупреждения в Pybel?
Я использую Pybel - оболочку Python вокруг API OpenBabel, и я пытаюсь отключить такие предупреждения: ============================== *** Open Babel Warning in ParseComplex Illegal aromatic element b- Мои предупреждения постоянно звучали, когда из ЧЭ…
18 май '18 в 21:15
2
ответа
Рисование химических структур - Есть ли плагин в C# для этих?
Я хочу представить чертеж химической структуры в моем приложении Windows. Я обнаружил, что на рынке доступны некоторые программы, такие как "BKChem","Metlab","ChemDraw","SMILE (упрощенная спецификация ввода строки молекулярного ввода)","BioChemDraw"…
19 фев '11 в 06:26
0
ответов
Реализуйте babel на C++, но он не может конвертировать химический файл
Я Джира. Я пытаюсь реализовать babel в C++, чтобы преобразовать файл с химической структурой в формате 'mol' в файл в формате 'smiles'. Я написал код, аналогичный приведенному в документации openbabel ( http://openbabel.org/docs/dev/UseTheLibrary/Cp…
03 дек '15 в 15:03
1
ответ
Поиск сходства с использованием кода SMILES
В настоящее время я занимаюсь разработкой веб-системы, которая будет хранить естественную информацию о соединениях. В этой системе будет функция, при которой пользователь будет вводить код смайлов, а система будет выполнять поиск по сходству или по …
06 ноя '17 в 06:16
1
ответ
Отпечатки пальцев с использованием модуля Python под названием Pybel
Я хочу получить отпечатки пальцев, используя улыбки соединений. Я сделал, но проблема в том, что я хочу получить более высокий бит и формат списка, чтобы я мог рассчитать длину списков. В этом случае я просто получаю занятия. Любое решение в Python …
16 июл '15 в 13:55
2
ответа
Неожиданный список появляется в цикле Python
Я новичок в Python и у меня есть следующий фрагмент кода с вложенным циклом, и я получаю несколько неожиданных списков: import pybel import math import openbabel search = ["CCC","CCCC"] matches = [] #n = 0 #b = 0 print search for n in search: print …
14 фев '10 в 19:53
1
ответ
Python CGI Преждевременная ошибка завершения скрипта в зависимости от параметров скрипта
У меня есть сценарий Python, который должен анализировать файл и производить вывод на диск, а также возвращать веб-страницу, ссылающуюся на выводимые файлы. При запуске с файлом, отправленным из формы HTML, я не получаю вывод HTML, только страница о…
19 апр '10 в 14:35
0
ответов
openbabel выдает ошибку импорта "неопределенный символ"
Я только что установил библиотеку openbabel для Python 2.7 (на Ubuntu 18.04, если это имеет значение). Но когда я импортирую openbabel, он выдает эту ошибку: >>> import openbabel as ob Traceback (most recent call last): File "<stdin>"…
01 июн '19 в 14:44
1
ответ
Откройте Babel под управлением.Net C# Process, не работает на развернутом веб-сайте
В связи с некоторыми обстоятельствами меня попросили разработать страницу, которая использует Process в.Net C# для вызова функции через командную строку. Код отлично работает на Visual Studio, но при развертывании на сервере IIS. Процесс, похоже, не…
28 май '19 в 05:33