Описание тега cheminformatics
Cheminformatics (also known as chemoinformatics and chemical informatics) is the use of computer and informational techniques applied to a range of problems in the field of chemistry.
7
ответов
Преобразование названия молекулы в улыбки?
Мне было просто интересно, есть ли способ конвертировать IUPAC или обычные молекулярные имена в SMILES? Я хочу сделать это без необходимости вручную конвертировать все, используя онлайн-системы. Любой вклад будет высоко ценится! Для справки, я сейча…
28 фев '19 в 16:23
2
ответа
Пакет rcdk R не может вычислить отпечатки пальцев из кодов SMILES
Я использую коды улыбки для одобренных FDA лекарств, доступных в базе данных chEMBL 22. Я использую пакет rcdk и я использую этот код: library(rcdk) dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T) smi <-lapply(as.character(dat1$C…
10 апр '17 в 12:38
1
ответ
Химическое представительство - SNL SMILES
Я хотел бы знать, возможно ли конвертировать SYBYL Line Notation (SNL) в Smiles с Python? Пример для N-метилпирролидона: SNL = 'N[1](CH2CH2CH2C@1=O)CH3' SMI = 'CN1CCCC1=O' Я не нашел никакого решения с RDKit:(
20 май '18 в 13:13
2
ответа
Вычисление кратчайшего пути от заданного узла ко всем остальным узлам, некоторые узлы запрещены для пути
Я хотел бы реализовать следующее в Python, но не уверен, с чего начать. Есть ли хорошие модули для задач кратчайшего пути такого типа? Я пытаюсь определить кратчайший путь от конкретного атома (узла) ко всем другим атомам (узлам) в данной коллекции …
31 мар '17 в 12:05
2
ответа
Создание 2d изображений молекул из данных FTP PubChem
Вместо того, чтобы сканировать веб-сайт PubChem, я бы предпочел быть хорошим и генерировать изображения локально с ftp-сайта PubChem: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubchem/specifications/ Единственная проблема заключается в том, что я ограничен OSX и Linux…
17 сен '15 в 14:45
0
ответов
XML в CSV из последовательного ввода
Я использую Raspberry 3 с анализатором CO², подключенным к какому-либо конвертеру USB/RS232. Необработанные данные поступают гладко в /dev/ttyUSB0, и эти данные должны быть записаны в.csv (на данном этапе моей работы не так много, я должен признать)…
12 окт '16 в 13:07
2
ответа
Разобрать строку из нескольких столбцов, используя python
Я пытаюсь извлечь данные из текстового вывода программы хеминформатики под названием NWChemЯ уже выделил ту часть вывода, которая мне интересна (колебательные моды), вот строка, которую я извлек: s = ''' 1 2 3 4 5 6 P.Frequency -0.00 0.00 0.00 0.00 …
16 июн '15 в 17:26
2
ответа
Структура данных периодической таблицы элементов
Моя цель - использовать периодическую таблицу элементов (или список), чтобы получить информацию о конкретном элементе в Java. Я хочу найти его по атомному номеру и символу (но это преобразование должно быть простым). Я нашел эту информацию в этом пл…
29 мар '14 в 22:59
1
ответ
Может ли InChI использоваться для поиска химической структуры вместо отпечатков пальцев
Я думаю, используя Основной слой InChI, Уровень заряда и Стереохимический слой (InChI String), мы все еще можем сравнивать поиск структур химических молекул (Поиск сходства и субструктуры), но почему большинство приложений используют химические отпе…
18 апр '17 в 11:51
0
ответов
Битовый аналог для массива слов (отпечатки пальцев)
Я пытаюсь выполнить поиск субструктуры в химической базе данных, используя отпечатки пальцев Авалона, предварительно рассчитанные для каждого соединения. Существует метод для сравнения этих отпечатков в RDKit: DataStructs.AllProbeBitsMatch ( fp1, fp…
23 июн '15 в 15:29
1
ответ
Удалить несвязанные структуры соединений
Я загружаю 3 разных химических файла в свое приложение, по одному за раз. Каждый файл содержит SMILE соединения, но имя тега другое. Я создаю IAtomContainer Поток, читая файл. Я хочу удалить отключенные структуры из потока. Есть ли способ удалить ег…
30 янв '17 в 04:42
2
ответа
String Входное выходное представление в RNN Variational autoencoder
Я смотрю на.. Молекулярный автоэнкодер позволяет нам интерполировать и выполнять градиентную оптимизацию соединений https://arxiv.org/pdf/1610.02415.pdf Бумага берет входную строку Smiles (текстовое представление молекулы) и затем отображает ее, исп…
15 окт '16 в 09:40
0
ответов
Как пакет dMod R обрабатывает тома?
Я пишу модель фармакокинетики ODE в R, используя пакет dMod. Я полагаю, что у dMod есть какая-то опция для учета объема отсека, но я не могу найти, как его использовать или связать с разными молекулами. Я относительно новичок в использовании R, поэт…
13 фев '19 в 22:58
0
ответов
efa-функция из ChemometricswithR возвращает значения NA в efa$pure.comp
Я использую efa функция от R ChemometricsWithR пакет. Если есть некоторые NA значения в X.efa$pure.compЧто это значит? Можно ли заменить эти NA значения с 0?
21 дек '18 в 00:41
5
ответов
Получить все молекулы из файла смайлов
Я работаю над файлами.smiles. Файловая структура файла.smiles: http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_file_format Я хочу получить все атомы из файла смайлов. Это означает, что если имеется один атом "С", это означает, что к ним будет присоединено 4 а…
12 фев '13 в 05:59
0
ответов
Преобразование стандартного InChI в InChI с фиксированным водородным слоем
Добрый вечер, Я пытаюсь преобразовать стандартную строку InChI в нестандартную строку InChI с фиксированным водородным слоем: Пример:Стандартные инчи для урацила:InChI=1S/C4H4N2O2/c7-3-1-2-5-4(8)6-3/h1-2H,(H2,5,6,7,8) Желаемый результат:InChI=1/C4H4…
28 фев '15 в 01:18
2
ответа
Как использовать регулярное выражение для определения количества водородов в химической формуле?
Какое выражение я должен использовать, чтобы определить количество атомов водорода в химической формуле? Например: C40H51N11O19 - 51 водород C2HO - 1 водород CO2 - без водорода (пустой) Какие-либо предложения? Спасибо! Ура!
26 сен '17 в 13:03
1
ответ
УЛЫБКИ от графа
Есть ли метод или пакет, который преобразует граф (или матрицу смежности) в строку SMILES? Например, я знаю, что атомы [6 6 7 6 6 6 6 8] ([C C N C C C C O])и матрица смежности [[ 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0.], [ 1., 0., 2., 0., 0., 0., 0., 1.], [ …
05 июл '18 в 15:44
1
ответ
Извлечение файлов sdf из публикации, соответствующей моноизотопной массе
Я пытаюсь извлечь химические структуры из базы данных pubchem в формате sdf соединений, соответствующих определенной точной массе и в диапазоне 10 частей на миллион этой точной массы (точная масса-квадратная масса / точная масса)*10^6. Есть ли спосо…
22 май '16 в 01:48
0
ответов
Различный лимитирующий донор в функции химической реакции
У меня есть пара химических реакций, которые связаны между собой. Каждая реакция имеет одного из 3 доступных доноров, которые потребляются, поэтому в конечном итоге они равны 0, и когда это происходит, реакция не может быть выполнена. Так, например,…
20 май '19 в 09:16