r - phyloseq - plot_tree - упорядочивает выборки по переменной, а не по SampleType

Question

У меня есть объект phyloseq, и я хочу посмотреть, как изменяется численность видов по отношению к некоторой переменной "rand"

С http://joey711.github.io/phyloseq-demo/phyloseq-demo.html

library(phyloseq)
library(tidyverse)
data(GlobalPatterns)

GP.chl <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Chlamydiae") %>% transform_sample_counts(function(OTU) OTU + 1) %>% 
transform_sample_counts(function(OTU) (OTU/sum(OTU)))

pt <- plot_tree(GP.chl2, color = "SampleType", shape = "Family", label.tips = "Genus", 
size = "abundance", plot.margin = 0.5, ladderize = TRUE, base.spacing = 0.08) + scale_size(range = c(0,10))

pt

Я хочу показать, как переменные (представленные в виде цветных символов) меняются по отношению к переменной rand.

Обычно можно переупорядочить переменные в большинстве графиков phyloseq, как описано в первом комментарии Джои здесь. https://github.com/joey711/phyloseq/issues/518

В этом случае, однако, pt $ data представляет собой таблицу с одной записью для каждого таксона, а не для каждого образца, поэтому повторное упорядочение, похоже, не помогает. Также не производится переупорядочение столбцов в таблице OTU. Я хотел бы иметь возможность раскрасить код по типу образца, поэтому изменение переменной цвета не кажется достаточным исправлением. Какие-либо предложения?