Как удалить очень тонкий контур / границу линейки

Question

Я хотел удалить эти линии на краю моего графика. Я использую библиотеку phyloseq. Вот мой код, я попытался изменить цвет / цвет / цвет на "NA", и это тот же результат. Мне просто не нравится этот маленький тонкий черный контур.

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

Answer 1

Ваша проблема в работе plot_bar() из пакета phyloseq - внутри черный цвет для границы. Вы можете просто создать свою функцию таким образом с дополнительным параметром - border_color или без него.

plot_bar_2 <-  function (physeq, x = "Sample", y = "Abundance", fill = NULL, title = NULL, facet_grid = NULL, border_color = NA) 
{
  mdf = psmelt(physeq)
  p = ggplot(mdf, aes_string(x = x, y = y, fill = fill))
  p = p + geom_bar(stat = "identity", position = "stack",  color = border_color)
  p = p + theme(axis.text.x = element_text(angle = -90, hjust = 0))
  if (!is.null(facet_grid)) {
    p <- p + facet_grid(facet_grid)
  }
  if (!is.null(title)) {
    p <- p + ggtitle(title)
  }
  return(p)
}

и позвонить

library(phyloseq)
data("GlobalPatterns")
gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes")
p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum") 
p + geom_bar(stat = "identity") + scale_fill_manual(values = cbPalette)

или с любым другим цветом границы, если вы хотите

p <- plot_bar_2(gp.ch, fill = "Phylum", border_color = "red")