Объединение таблицы OTU и филогенетического дерева с филосеком

Question

Я пытаюсь создать объект класса phyloseq с таблицей OTU, именами таксонов, образцами данных и филогенетическим деревом, используя следующие команды

ps <- phyloseq(otu_table(seqtab.nochim, taxa_are_rows=F),
           tax_table(taxa),
           sample_data(Metadata))

physeq = merge_phyloseq(ps, treefile)

Я могу создать объект PS просто найти, но я не могу добавить филогенетическое дерево к этому объекту. Похоже, что это не удается, потому что имена в моей таблице OTU и моем дереве (загруженные из базы данных SILVA) не совпадают. Используя taxa_names, я вижу, что дерево имеет имена таксонов, назначенные ему, как и ожидалось, но моя таблица OTU имеет имена при каждой прочитанной последовательности.

Таблица OTU (seqtab.nochim), назначения таксономии и примеры данных сделаны точно в соответствии с руководством по конвейеру dada2, и все, что я до сих пор читал, указывает на то, что для таблицы OTU нормально иметь последовательности в качестве столбца имена.

Я сбит с толку, потому что мой объект таксонов уже имеет таксономию от Kingdom до Genus, назначенную для каждой прочитанной последовательности, но я не вижу способа использовать эти назначения для сопоставления с филогенетическим деревом вместо чтения последовательностей из таблицы OTU.

Я уверен, что это, наверное, что-то простое и явно очевидное, что я скучаю, но любая помощь очень ценится!

Answer 1

Вы правы, что дерево и таблица OTU и таблица налогов должны иметь одинаковые имена. Обычно, однако, человек не загружает дерево непосредственно из SILVA, а создает локальное дерево из своих последовательностей dada2. В этой статье Callihan et al. Авторы обсуждают использование PHANGORN для создания такого дерева. Это должно привести к файлу дерева с последовательностями в качестве имен ветвей, который совместим с остальными вашими данными. Если у вас возникли другие проблемы, попробуйте опубликовать воспроизводимое подмножество ваших данных, например, объект ps, субдискретизированный до нескольких выборок, и пять наиболее распространенных таксонов и, возможно, мы, интернет-специалисты, могут определить проблему.