Phyloseq. Как проверить разницу численности
Библиотека состоит из ggplot2 и phyoloseq Data= Globalpatterns
GP = filter_taxa(GlobalPatterns, function(x) sum(x > 3) > (0.2*length(x)), TRUE)
GP = filter_taxa(GlobalPatterns, function(x) sum(x > 3) > (0.2*length(x)), TRUE)
Определите категориальную переменную, отличную от человека, и добавьте эту новую переменную к образцу данных:
sample_data(GP)$human = factor( get_variable(GP, "SampleType") %in% c("Feces", "Mock", "Skin", "Tongue")) Стандартизируйте численность по средней глубине секвенирования
total = median(sample_sums(GP))
standf = function(x, t=total) round(t * (x / sum(x)))
gps = transform_sample_counts(GP, standf)
Отфильтруйте таксоны, используя порог 3,0 для Коэффициент вариации
gpsf = filter_taxa(gps, function(x) sd(x)/mean(x) > 3.0, TRUE)
Subset the data to Bacteroidetes, used in some plots
gpsfb = subset_taxa(gpsf, Phylum=="Bacteroidetes")
Построение данных
title = "plot_bar; Bacteroidetes-only"
plot_bar(gpsfb, "SampleType", "Abundance", title=title)
Вопрос: Какой код мне нужно написать, чтобы проверить разницу в численности Bacteroidetes для конкретного типа образца, например, кала с ect ANOVA, с текущим примером?