Описание тега pheatmap
Пакет для рисования красивых тепловых карт в R.
0
ответов
R пакет pheatmap: аннотация - легенда только для (подмножество) строк или столбцов
Я использую пакет pheatmap в R для кластеризации и визуализации данных. У меня есть несколько аннотаций столбцов и строк. Я хотел бы отображать легенду только для аннотаций строк и некоторых аннотаций столбцов. annotation_legend допускает только TRU…
27 ноя '18 в 10:23
0
ответов
Как использовать настраиваемую функцию кластеризации и метрики для pheatmap
У меня есть следующая функция library(pheatmap) plot_kmeans_heatmap <- function (dat=NULL, k=3, nstart=20) { # Data wrangling ---------------------------------------------------------- set.seed(1) dat_m <- kmeans(dat, k, nstart = nstart) m.kme…
31 июл '17 в 04:11
1
ответ
Тепловая карта с несколькими / сложенными переменными на человека
Я пытаюсь создать тепловую карту. У каждого человека есть три двоичных переменных (ecz, whz, rhi) в 6 временных точках. Прикрепленная тепловая карта совсем не информативна, так как я хочу увидеть, как переменные развиваются одновременно. Для каждого…
06 ноя '18 в 14:44
3
ответа
Pheatmap аннотации цвета и границы
Pheatmap library(pheatmap) принимает annotation_colorsдобавить цвета идентификатора заголовка в верхней части каждого столбца тепловой карты. Я хочу добавить белый цвет заголовка столбца с границами. Границу можно добавить border_color но эта функци…
22 окт '15 в 22:51
1
ответ
Установить 0-точку для pheatmap в R
Как вы можете установить 0-точку на цветовой шкале на белый в этой тепловой карте? Использует ли он breaks параметр? В следующем коде белый установлен на 3 (или рядом на шкале): test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10…
28 июл '15 в 13:35
1
ответ
График сгруппированных значений кадра данных в R
У меня есть следующий фрейм данных: stat mTADs DE_genes 5267 -5.452819 chr2:167337500-167447500 chr2:167318145-167341673:+ 5268 4.114012 chr6:41532500-41642500 chr6:41555481-41570508:+ 5269 9.812369 chr10:18157500-18262500 chr10:18259929-18265882:- …
05 май '16 в 10:45
0
ответов
Р: Как я могу сделать цветовую шкалу тепловой карты только с одной стороны?
Я генерирую тепловую карту, используя pheatmap в r. Я строю p-значение с поправкой на ложное обнаружение, которое подписано на основе повышенного или пониженного значения от кратного изменения. Я хотел бы, чтобы шкала цветов была оценена от -0,1 до …
10 июл '18 в 13:58
1
ответ
Добавьте пробел в тепловую карту с пакетом pheatmap
Я сделал тепловую карту, используя код ниже: library(pheatmap) library(dplyr) data = data.frame(matrix(runif(10*10), ncol=10)) data$sample = rep(c("tumour", "normal"), 5) data$subject.ID = paste('Subject', 1:10) data = data %>% arrange(sample) # …
29 дек '18 в 20:53
1
ответ
Как привязать цветовую шкалу к минимуму / максимуму для каждой строки, используя pheatmap в R
В настоящее время я использую pheatmap в R, чтобы создать тепловую карту выражений генов из данных одной клетки. Проблема, с которой я сейчас сталкиваюсь, заключается в том, что я не могу воспроизвести относительную цветовую шкалу, используемую в др…
25 янв '19 в 19:13
0
ответов
Масштабирование Pheatmap создает пустые строки (пропущенные значения)
У меня есть матрица со значениями экспрессии генов, и я хочу отобразить это в тепловой карте. Тем не менее, когда я использую параметр масштабирования, scale = "row", некоторые пустые (серые) линии появляются в тепловой карте. Из-за этого pheatmap н…
11 фев '19 в 12:14
0
ответов
Как выбрать лучший кластер или верхний кластер для строк при использовании kmeans_k в pheatmap?
В моем предыдущем посте я использовал кластеризацию kmeans_k в итеративном процессе в пакете pheatmap, чтобы уменьшить количество строк (генов) с 90 до более строгого подмножества. Это я делал с тех пор, когда пытался протестировать оптимальные клас…
09 май '17 в 13:48
1
ответ
R: как установить p для расстояния Минковского в pheatmap?
В R есть функция для создания тепловой карты с дендрограммой, называемая pheatmap::pheatmap, minkowski является одним из вариантов измерения расстояния для pheatmap нарисовать дендрограмму. Тем не менее, как установить p (Степень расстояния Минковск…
15 июн '17 в 21:32
0
ответов
Как объединить непрерывную и дискретную цветовые шкалы в pheatmap: как установить 0 в качестве другого цвета
После значительного времени, просматривая форум о том, как устанавливать перерывы в pheatmap, я решил написать здесь пост, чтобы сэкономить время других. Решения были либо i) извилистыми, ii) плохо объясненными, либо iii) превосходно объясненными дл…
06 сен '17 в 12:00
1
ответ
Можете ли вы извлечь матрицу данных из pheatmap в R?
Я создал тепловую карту на основе данных генного микрочипа, а затем использовал pheatmap для кластеризации данных и вывода тепловой карты. Есть ли способ вывести кластеризованные данные тепловой карты в виде матрицы в файл Excel?
25 сен '15 в 14:37
3
ответа
R - название легенды или единицы измерения при использовании Pheatmap
Я использую pheatmap для создания тепловой карты значений и хотел бы обозначить легенду единицами значений z в матрице. В этом примере я хотел бы, чтобы верхняя часть легенды говорила о температуре [°C]. Я прочитал рекомендации для pheatmap, и кажет…
25 апр '16 в 22:17
0
ответов
Разные кластеры одним и тем же методом
Я застрял в проблеме с иерархической кластеризацией. Я хочу сделать дендрограмму и тепловую карту с дистанционным методом корреляции (d_mydata=dist(1-cor(t(mydata)))) и ward.D2 в качестве метода кластеризации. В качестве гаджета в pheatmap пакета вы…
12 апр '17 в 12:50
0
ответов
Ошибка добавления цветов аннотации в pheatmap в R: "предоставлено больше элементов, чем нужно заменить"
Я относительный новичок R, и у меня возникли некоторые проблемы при попытке изменить цветовую палитру, используемую для аннотаций в pheatmap. Я создал аннотированную тепловую карту из файла Total_depth_avg_mag.txt, используя следующие команды: libra…
23 ноя '18 в 14:31
0
ответов
RMarkdown: создание двух параллельных тепловых карт с полными границами фигур с использованием пакета pheatmap
Я пишу свой первый отчет в RMarkdown и борюсь с конкретными выравниваниями фигур. У меня есть некоторые данные, которые я манипулирую в формате, дружественном для пакета pheatmap такой, что он производит вывод HTML тепловой карты. Код, который произ…
28 ноя '17 в 01:51
0
ответов
Изменение меток оси вращения тепловой карты, созданной pheatmap пакета
Х-оси маркировки тепловых карт, производимых упаковкой pheatmap на 270 градусов повернуты по умолчанию. Мне нужно повернуть их на 90 градусов. Я проследил pheatmap() и посмотрите, есть ли внутренняя (невидимая) функция, которая производит метки: dra…
13 окт '13 в 11:55
2
ответа
Тепловая карта категорийных переменных
У меня есть фрейм данных элементов, и у каждого есть несколько столбцов классификатора, которые являются категориальными переменными. ID test1 test2 test3 1 A B A 2 B A C 3 C C C 4 A A B 5 B B B 6 B A C Я хочу сгенерировать тепловую карту для каждой…
25 июн '18 в 17:03