RMarkdown: создание двух параллельных тепловых карт с полными границами фигур с использованием пакета pheatmap
Я пишу свой первый отчет в RMarkdown и борюсь с конкретными выравниваниями фигур.
У меня есть некоторые данные, которые я манипулирую в формате, дружественном для пакета pheatmap
такой, что он производит вывод HTML тепловой карты. Код, который производит один из них, выглядит следующим образом:
cleaned_mayo<- cleaned_mayo[which(cleaned_mayo$Source=="MayoBrainBank_Dickson"),]
# Segregate data
ad<- cleaned_mayo[which(cleaned_mayo$Diagnosis== "AD"),-c(1:13)]
control<- cleaned_mayo[which(cleaned_mayo$Diagnosis== "Control"),-c(1:13)]
# Average data across patients and assign diagnoses
ad<- as.data.frame(t(apply(ad,2, mean)))
control<- as.data.frame(t(apply(control,2, mean)))
ad$Diagnosis<- "AD"
control$Diagnosis<- "Control"
# Combine
avg_heat<- rbind(ad, control)
# Rearrange columns
avg_heat<- avg_heat[,c(32, 1:31)]
# Mean shift all expression values
avg_heat[,2:32]<- apply(avg_heat[,2:32], 2, function(x){x-mean(x)})
#################################
# CREATE HEAT MAP
#################################
# Plot average heat map
pheatmap(t(avg_heat[,2:32]), cluster_col= F, labels_col= c("AD", "Control"),gaps_col = c(1), labels_row = colnames(avg_heat)[2:32],
main= "Mayo Differential Expression for Genes of Interest: Averaged Across \n Patients within a Diagnosis",
show_colnames = T)
Где числовые столбцы cleaned_mayo
выглядит как:
C1QA C1QC C1QB LAPTM5 CTSS FCER1G PLEK CSF1R CD74 LY86 AIF1 FGD2 TREM2 PTK2B LYN UNC93B1 CTSC NCKAP1L TMEM119 ALOX5AP LCP1
1924_TCX 1101 1392 1687 1380 380 279 198 1889 6286 127 252 771 338 5795 409 494 337 352 476 170 441
1926_TCX 881 770 950 1064 239 130 132 1241 3188 76 137 434 212 5634 327 419 292 217 464 124 373
1935_TCX 3636 4106 5196 5206 1226 583 476 5588 27650 384 1139 1086 756 14219 1269 869 868 1378 1270 428 1216
1925_TCX 3050 4392 5357 3585 788 472 350 4662 11811 340 865 1051 468 13446 638 420 1047 850 756 616 1008
1963_TCX 3169 2874 4182 2737 828 551 208 2560 10103 204 719 585 499 9158 546 335 598 593 606 418 707
7098_TCX 1354 1803 2369 2134 634 354 245 1829 8322 227 593 371 411 10637 504 294 750 458 367 490 779
ITGAM LPCAT2 LGALS9 GRN MAN2B1 TYROBP CD37 LAIR1 CTSZ CYTH4
1924_TCX 376 649 699 1605 618 392 328 628 1774 484
1926_TCX 225 381 473 1444 597 242 290 321 1110 303
1935_TCX 737 1887 998 2563 856 949 713 1060 2670 569
1925_TCX 634 1323 575 1661 594 562 421 1197 1796 595
1963_TCX 508 696 429 1030 355 556 365 585 1591 360
7098_TCX 418 1011 318 1574 354 353 179 471 1471 321
Весь этот код обернут вокруг следующего заголовка в среде RMarkdown: {r heatmaps, echo=FALSE, results="asis", message=FALSE}
,
Чего я хотел бы добиться, так это двух тепловых карт, расположенных рядом друг с другом с черными ящиками вокруг каждой отдельной тепловой карты (то есть содержащей заголовок и легенду тепловой карты).
Если бы кто-нибудь мог сказать мне, как это сделать, или один из них по отдельности, это было бы очень признательно.
Спасибо!