Масштабирование Pheatmap создает пустые строки (пропущенные значения)

У меня есть матрица со значениями экспрессии генов, и я хочу отобразить это в тепловой карте. Тем не менее, когда я использую параметр масштабирования, scale = "row", некоторые пустые (серые) линии появляются в тепловой карте. Из-за этого pheatmap не допускает кластеризацию на основе строк. Когда я рисую график без масштабирования, пустых линий нет.

Я подозреваю, что это может быть связано с малым разбросом и низким выражением в некоторых строках, но в наборе данных выражения отсутствуют пропущенные значения.

p <- pheatmap(expression_matrix, 
         show_rownames=F, 
         show_colnames = T,
         clustering_distance_rows = "manhattan",
         cluster_cols=F,
         cluster_rows=F,
         annotation_col=df,
         annotation_colors = my_colors, 
         scale = "row")

Я ищу объяснение, почему это происходит, и решение, как этого избежать.

Участок до масштабирования:

Участок после масштабирования:

0 ответов

Другие вопросы по тегам