Описание тега emcee
NoneEmcee - это ансамблевый семплер с аффинно-инвариантной цепью Маркова методом Монте-Карло (MCMC).
1
ответ
Ходунки не "ходят" в модели подходят с помощью MCMC
У меня возникли трудности с выполнением MCMC-анализа модели. Я считаю, что это связано с тем фактом, что у меня есть неполная гамма-функция в модели. Я пытаюсь свести к минимуму гауссовское логарифмическое правдоподобие, но похоже, что ходоки застря…
13 мар '14 в 11:09
2
ответа
Emcee не будет работать многопоточным в Windows
У меня проблемы с запуском кода Python Emcee MCMC в многопоточном режиме на рабочем столе Windows. Он отлично работает с одним потоком и работает в однопоточном или многопоточном режиме на моем ноутбуке Mac OSX. Вот простой пример кода (взят из прим…
08 янв '17 в 23:38
1
ответ
Ведущий - почему значения за пределами предшествующего пространства
Я указываю, что мои приоры не имеют отрицательных значений следующим образом: def lnprior(theta): sig,mu = theta if 0.01 < sig < 2.0 and 0.01 < mu < 1.0: return(0.0) return(-np.inf) Затем я следую поваренной книге на веб-странице ведущег…
29 окт '17 в 15:41
1
ответ
Как сделать распространение ошибок, используя emcee
Я использую Emcee для того, чтобы проанализировать некоторые данные, связанные с SN 1a. Прежде чем заняться реальными данными, я начал с симулированных данных. Результаты, которые я получил, кажутся хорошими: Теперь я хочу вычислить исходные значени…
25 сен '18 в 15:40
1
ответ
Фитинг с Монте-Карло в питоне
Я использую пакет Python под названием emcee чтобы приспособить функцию к некоторым точкам данных. Подгонка выглядит отлично, но когда я хочу построить значение каждого параметра на каждом шаге, я получаю это: В их примере (с другой функцией и точка…
11 сен '16 в 18:02
1
ответ
ValueError: операнды не могут быть переданы вместе с формами (1,2) (20,100)
Я использую молоток emcee mcmc, чтобы восстановить 1D гауссиан из 20 образцов со случайными стандартными отклонениями. Вот соответствующая часть моего кода: def loglike(alpha,datapoints): mu, sig = alpha return nbabies*(np.log(1/(nsamples*np.sqrt(2*…
25 июн '14 в 18:20
0
ответов
Определите пользовательский априор для каждого параметра в emcee
У меня есть функция с тремя параметрами a,b а также c и я хочу определить различные приоры для каждого из этих параметров. Я использую emcee пакет. Я начал с простой униформы (неинформативной): def lnprior(theta): m, b, c = theta if 1.0 < m < …
02 окт '17 в 11:19
1
ответ
MCMC Выборка кривой Максвелла с использованием ведущего Python
Я пытаюсь познакомиться с MCMC с помощью emcee. Я хочу просто взять пример из дистрибутива Максвелла Больцмана, используя набор примеров кода на github, https://github.com/dfm/emcee/blob/master/examples/quickstart.py. Пример кода действительно отлич…
14 май '17 в 13:56
1
ответ
Ходоки в ведущий не исследуют пространство параметров?
Прежде всего: извинения за отсутствие кода и довольно расплывчатые описания; код, который я использую, имеет длину более 1000 строк, и я не уверен, какие его части было бы полезно опубликовать. Я использую emcee для оценки байесовских параметров. Мо…
01 авг '17 в 23:31
0
ответов
Ошибка значения NaN прервала вычисление кода Python
Я использую пакет EMCEE Python. Одна из частей следующего кода дает мне ошибкуValueError: lnprob returned NaN. NaN value of lnprob for parameters: [7.00933061e+01 4.50865882e-01 8.10716795e-01 7.28231108e-02 1.52792946e-03 5.17048304e-02] Traceback …
30 дек '18 в 11:53
1
ответ
Закрытие многопроцессорной обработки после каждой параллельной работы
Я использую multiprocessing библиотека питона, а также emcee который также использует различные потоки для реализации MCMC, Проблема в том, что даже когда я close pool Тем не менее, кажется, что Python использует процессоры и замедляет работу ядер, …
26 авг '14 в 15:19
2
ответа
Использование ведущего с гауссовыми приорами
Я пытаюсь использовать гауссовский язык перед использованием emcee и не могу понять это полностью. В основном я хочу заменить def lnprior(theta): a, b, c = theta if 1.0 < a < 2.0 and 1.0 < b < 2.0 and 1.0 < c < 2.0: return 0.0 retu…
13 апр '18 в 06:00
1
ответ
Ошибка типа: объект 'numpy.ndarray' не вызывается
Я не знаю, знаком ли кто-нибудь с модулем Python "emcee" Дэна Формана-Макли, но я использую его для демонстрации дистрибутива. Я использую сэмплер Parallel Tempering, потому что мой дистрибутив выглядит в стиле фанк. Вот соответствующий код: from em…
23 июл '14 в 20:38
1
ответ
Индекс 2 выходит за пределы
У меня есть следующий код, который касается ограничения параметров. Я получаю эту ошибку при запуске кода: samples[:, 2] = np.exp(samples[:, 2]) IndexError: index 2 is out of bounds for axis 1 with size 2 Любая помощь, пожалуйста, как мне сделать, ч…
01 мар '18 в 14:55
0
ответов
Emcee плохо работает для простой минимизации
Я пытаюсь настроить бенчмарк для нескольких алгоритмов оптимизации. Один из тех, с кем я сейчас не справляюсь, - ведущий "MCMC Hammer". Я не знаю, правильно ли я его настроил или мой сюжет работает не так, как должен. Цель состоит в том, чтобы миним…
09 мар '18 в 13:47
1
ответ
Многомерная линейная регрессия в pymc3
Я недавно начал учиться pymc3 после исключительно использования emcee целую вечность, и я сталкиваюсь с некоторыми концептуальными проблемами. Я практикуюсь в главе 7 " Подгонка модели к данным Хогга". Это подразумевает подгонку mcmc к прямой линии …
24 сен '16 в 14:07
1
ответ
Python перезапускает оболочку в IDLE
Я использую пакет EMCEE Python, который является методом MCMC. Когда я выбираю 500 шаги и 300 ходоки все ок и через пару часов у меня есть результаты и выводы. Но, как я меняю их на более высокие ступени (800) и выше ходоки (400) через много часов о…
09 дек '18 в 08:18
0
ответов
Установка простой модели с EMCEE приводит к ошибке
Я написал следующий код в пакете EMCEE, но после запуска кода Python отправляет ошибку. Мне интересно, что мне делать. Может ли кто-нибудь помочь мне, пожалуйста? Ошибка: Warning (from warnings module): File "C:\Python36-32\lib\site-packages\emcee\e…
27 сен '18 в 14:35
0
ответов
Подбор вероятностных данных с верхними пределами и асимметричными ошибками
Я хочу использовать emcee ( http://dfm.io/emcee/current/) пакет для подгонки некоторых данных к различным моделям. Данные имеют этот формат: # Energy dN/dE DeltaEnergy- DeltaEnergy+ Delta dN/dE- Delta dN/dE+ 1.733589e-01 3.589066e-14 7.335888e-02 1.…
31 окт '17 в 10:13
1
ответ
Общий размер массива должен быть неизменным
Я использую модуль Python emcee для демонстрации дистрибутива. Мне нужно передать (37,100) (который я назвал Ntrig и Nsamp, соответственно) массив под названием events к функции ниже. def mp(SNR2, *events): events = np.asarray(events).reshape((Ntrig…
23 июл '14 в 18:35