Описание тега bcftools

Описание тега Вопросы с тегом
BCFtools - чтение / запись файлов BCF2/VCF/gVCF и вызов / фильтрация / суммирование вариантов SNP и коротких последовательностей indel
3 ответа

Исправление ошибки сегментации в bcftools

Я пытаюсь объединить 3000 бактериальных файлов bcf с помощью bcftools. Файлы vcf были сгенерированы с использованием GATK, преобразованы в bcf и проиндексированы с помощью bcftools. Bcftools приступает к анализу 20% данных, но продолжает преждевреме…
06 дек '18 в 18:18
1 ответ

Модификация VCF-файлов перед преобразованием в BCF

Я добавляю новые файлы vcf в ранее созданный файл bcf, в котором поле идентификатора в VCF было установлено на CHR:POS:POS:REF:ALT? Как установить поле идентификатора в VCF на CHR:POS:POS:REF:ALT?
04 мар '19 в 20:01
0 ответов

Возвращает команду bcftools не удалось загрузить индекс, индексный файл только что сгенерирован с использованием tabix

Итак, у меня есть огромный сжатый файл VCF, который содержит геномы 722 клыков, и мне нужно выполнить следующую команду, используя bcftools. bcftools view -f PASS --thread 8 -r chr9:55252802-55298244 -o 722g.990.SNP.INDEL.dynamin1.vcf.gz -O z 722g.9…
20 июн '19 в 17:42
1 ответ

bcftools делает сбой с многочисленными ошибками vcfmerge в win10

Я хочу скомпилировать последнюю версию github bcftools, но я получаю эти ошибки ниже. [Инструкции по установке]https://raw.githubusercontent.com/samtools/bcftools/develop/INSTALL упоминает: git clone git://github.com/samtools/htslib.git git clone gi…
31 авг '20 в 18:02
1 ответ

Запуск цикла над несколькими типами файлов с использованием bcftools и awk для разделения файлов

Уважаемое сообщество по переполнению стека, У меня есть 100 файлов.VCF (тип файла txt). В столбце "ID" есть вызовы различных вариантов конструкции: MantaINS MantaINV MantaDEL MantaBND MantaDUP Canvas:REF Canvas:GAIN Canvas:LOSS (рядом с числом, напр…
29 окт '19 в 16:59
1 ответ

Использование цикла for с bcftools

У меня есть папка с 900 файлами с такими названиями: chr1_643632542_63643636.vcf.gz chr1_23634521_626356.vcf.gz chr2_363643262346_234324.vcf.gz chr2_1345_21346.vcf.gz .... chr22_134545_3245145.vcf.gz Я пытался проиндексировать каждый файл с помощью …
03 дек '19 в 18:18
2 ответа

Как продолжить цикл while в bash, если программа напечатала определенное сообщение?

Я запускаю сценарий bash с использованием некоторого программного обеспечения, которое следует базовому шаблону ниже. while read sample; do software ${sample} > output.txt done <samples.txt Для некоторых образцов печатается это сообщение: "Сай…
13 ноя '19 в 18:30
1 ответ

Как использовать команды плагина в bcftools?

Моя цель - использовать bcftools для проверки совпадения эталонных аллелей в моем наборе данных (файл vcf) с эталонным геномом (файл fasta) с помощью плагина fixref. Работая в командной строке, я сначала установил следующую среду: export BCFTOOLS_PL…
31 мар '20 в 20:10
0 ответов

Подмножество SNP с конкретными критериями исключения с помощью bcftools

Я пытаюсь выделить подмножество SNP из 32 сортов. У меня следующие критерии исключения: >20% недостающих данных SNP присутствуют менее чем в 50% генотипов Каждый генотип должен иметь не менее 50% включенных SNP. >=60% гетерозиготных звонков Ма…
03 апр '20 в 21:28
0 ответов

Есть ли альтернатива bcftools?

Я только начал использовать bcftools для анализа файлов vcf, и у меня есть инструмент, скомпилированный (после небольшого усилия), и я протестировал слияние и представление. Однако мне интересно, было бы лучше управлять данными многих больших файлов…
01 сен '20 в 22:43
0 ответов

Почему bcftools/bgzip ведет себя по-разному при запуске через conda run и conda activate?

Я пытаюсь запустить утилиту bcftools bgzip для сжатия файла VCF. У меня есть небольшая среда conda, настроенная для bcftools. Содержимое файла environment.yaml: name: FAWMIPS_bcftools channels: - bioconda dependencies: - bcftools=1.9 Я получаю разны…
13 янв '20 в 22:55
2 ответа

Комбинируйте командные строки оболочки в snakemake

Я хотел бы объединить две командные строки в одну, чтобы избежать промежуточных файлов. workdir: "/path/to/workdir/" rule all: input: "my.filtered.vcf.gz" rule bedtools: input: invcf="/path/to/my.vcf.gz", bedgz="/path/to/my.bed.gz" output: outvcf="m…
19 фев '20 в 12:35
1 ответ

Столбец ALT файла VCF содержит альтернативный нуклеотид И <*>

Почему столбец ALT в моем файле VCF иногда содержит альтернативный нуклеотид, а также "символический аллель" <*>? Что это значит? Изображение ALT Кроме того, в поле INFO тег AD сообщает мне, что нулевые чтения имеют символический аллель (т.е. AD=37,…
28 апр '20 в 21:34
1 ответ

Не удается установить bcftools-gtc2vcf-plugin с помощью conda

Я установил bioconda, следуя инструкциям на https://bioconda.github.io/user/install.html. Потом я попробовал conda install bwa conda install bcftools conda install plink2 Все установили нормально. Однако когда я попробовал conda install bcftools-gtc…
02 янв '20 в 08:28
1 ответ

Объедините несколько файлов VCF в один большой файл VCF

У меня есть список файлов VCF определенной национальности, например американских индейцев, китайцев, европейцев и т. Д. Для каждой национальности у меня есть около 100+ файлов. В настоящее время я вычислил VARIANT QC такие показатели, как call_rate,…
08 сен '20 в 16:53
1 ответ

В чем причина того, что я не могу сопоставить идентификаторы элементов этих объектов в Revit с идентификаторами в файле Revit?

Я создаю плагин, который использует код, доступный в BCFier, для выбора элементов из внешней серверной версии файла и выделения их в представлении Revit, за исключением того, что элементы явно не найдены в Revit, поскольку все элементы отображаются …
18 ноя '20 в 23:20
1 ответ

Как узнать, успешно ли выполнено выполнение команды unix

Я недавно попробовал bcftools command (для обработки файлов вариантов) в моей командной строке. Команда, которую я пробовал, приведена ниже bcftools merge --force-samples -O z -o final.vcf.gz ethn.vcf.gz Однако команда работала, но на слияние потреб…
10 сен '20 в 03:10
0 ответов

Как я могу создать новый файл VCF только с SNP?

Я хотел бы создать новый файл VCF, содержащий только SNP, при удалении отступов из существующего файла VCF, я попробовал приведенную ниже команду на linuxvcftools --vcf комбинированный_genendu_mito_436_each_only_alt.vcf --remove-indels --recode --re…
25 фев '21 в 15:59
0 ответов

Почему сгенерированная консенсусная последовательность vcf2fq пропускает отступы, даже если они преобладают? Как исправить?

После выравнивания считываний последовательностей и преобразования в BAM я могу визуализировать существование делеции из 9 оснований. Эта область удаления также правильно вызывается mpileup и bcftools. bcftools mpileup -Ou -f $ref xxx.bam -o newbcfM…
19 мар '21 в 05:19
0 ответов

Я не могу уместить данные моих вариантов из bcftools в большее количество столбцов, чем столбец с форматом .csv

Я знаю, что это может быть очень простой вопрос, но, к сожалению, я не могу найти решение самостоятельно. Я использую bcftools для фильтрации вариантов. Тем не менее, я не могу сделать стандартный вывод .csv, как я хочу - сделайте данные в .csv подх…
26 мар '21 в 00:53