Не удается установить bcftools-gtc2vcf-plugin с помощью conda

Question

Я установил bioconda, следуя инструкциям на https://bioconda.github.io/user/install.html. Потом я попробовал

conda install bwa
conda install bcftools
conda install plink2

Все установили нормально. Однако когда я попробовал

conda install bcftools-gtc2vcf-plugin

или

conda install -c bioconda bcftools-gtc2vcf-plugin 

в соответствии с инструкциями на https://bioconda.github.io/recipes/bcftools-gtc2vcf-plugin/README.html я получил следующие ошибки:

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - bcftools-gtc2vcf-plugin

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-64
  - https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-64
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to

    https://anaconda.org

and use the search bar at the top of the page.

Любая помощь будет высоко ценится.

Заранее спасибо!

Answer 1

Я бы посоветовал (по состоянию на 06.01.2020) не использовать bcftools-gtc2vcf-plugin, так как это старая версия, в которой отсутствуют многие функции по сравнению с текущей версией. Я бы посоветовал либо скомпилировать из исходного кода (https://github.com/freeseek/gtc2vcf), либо загрузить предварительно скомпилированные двоичные файлы (https://personal.broadinstitute.org/giulio/gtc2vcf), которые должны работать в системах с ≥GLIBC_2.3 установлен (и убедитесь, что вы используете последнюю версию BCFtools)

Если вы получили сообщение об ошибке:

No functional bcftools plugins were found in
    BCFTOOLS_PLUGINS="/Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins".

- Is the plugin path correct?

- Run "bcftools plugin -lv" for more detailed error output.

Could not load "gtc2vcf".

(ошибка плагина bcftools, которую разработчики исправят в ближайшее время), можете ли вы вместо этого попробовать выполнить одну из следующих команд:

$ bcftools plugin gtc2vcf -vv
$ bcftools +gtc2vcf -vv
$ bcftools plugin /Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so -vv
$ bcftools +/Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so -vv

Вы должны понять причину, по которой плагин не загружается. Типичное сообщение об ошибке может выглядеть так:

/Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so:
    dlopen   .. /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.3' not found (required by /Users/moxu/xbin/seq/bcftools/plugins/gtc2vcf.so)