Модификация VCF-файлов перед преобразованием в BCF

Question

Я добавляю новые файлы vcf в ранее созданный файл bcf, в котором поле идентификатора в VCF было установлено на CHR:POS:POS:REF:ALT?

Как установить поле идентификатора в VCF на CHR:POS:POS:REF:ALT?

Answer 1

Я полагаю, что вы ищете --set-id вариант. Из документации по адресу http://www.htslib.org/doc/bcftools.html:

Чтобы назначить идентификатор:

bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS\_%REF\_%FIRST_ALT' file.vcf