Как я могу создать новый файл VCF только с SNP?
Я хотел бы создать новый файл VCF, содержащий только SNP, при удалении отступов из существующего файла VCF, я попробовал приведенную ниже команду на linux
vcftools --vcf комбинированный_genendu_mito_436_each_only_alt.vcf
--remove-indels --recode --recode-INFO-all
--out комбинированный_genendu_mito_436_each_biallelic_and_alt_snps_only
Однако я получаю сообщение об ошибке ниже;
После фильтрации оставлено 436 из 436 лиц, выводящих файл VCF ... Ошибка: обнаружена полиплоидия, не поддерживаемая vcftools: JN398380.1:19
Пожалуйста, помогите мне, как это сделать. Я новичок в области Linux, vcftools и биоинформатики в целом.