Не удалось установить pysam 0.13

Question

Я не могу установить pysam 0.13 на macOS High Sierra. Подводя итог моим двум ошибкам:

htslib/htslib/hts.h:142:9: error: missing ',' between enumerators
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
        ^
        ,  htslib/htslib/hts.h:142:29: error: expected '= constant-expression' or end of
      enumerator definition
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
                        ^

Сгенерировано 2 ошибки.

ошибка: команда 'gcc' не выполнена с состоянием выхода 1

Есть идеи что делать?

Answer 1

На самом деле я решил, так что проблема была htslib. Решено с помощью:

export HTSLIB_LIBRARY_DIR=/usr/local/lib
export HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/local/include
pip install pysam

Проблема была в противоречивых библиотеках htslib в тех же каталогах.

Answer 2

Иногда программное обеспечение нуждается в модификациях (исправлениях) для работы в конкретной операционной системе. Или он не будет собираться, если у вас установлены старые файлы заголовков. Или для этого нужен другой компилятор.

Поскольку в вашей системе (macOS) отсутствует хорошее встроенное управление пакетами, я бы посоветовал вам использовать дистрибутив Python, который имеет собственный менеджер пакетов, например, anaconda.

В таких дистрибутивах доступно множество предварительно скомпилированных пакетов (например, pysam). Они могут сэкономить вам много времени.