ValueError: ошибка во время итерации "Pysam"

Question

Я столкнулся с этой ошибкой, и у меня возникли проблемы с ее устранением. Вот что я получаю:

Traceback (most recent call last):
 File "afile.py", line 100, in <module>
   for col in bam.pileup( chrm, ps1, ps1+1,truncate=True):
 File "pysam/calignmentfile.pyx", line 2060, in pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion.__next__
  (pysam/calignmentfile.c:23305)
 ValueError: error during iteration

Заранее большое спасибо.

Answer 1

Я ударил это недавно. коренной причиной в моем случае было то, что .bai Файл индекса bam устарел. после того, как я восстановил это с samtools index XXX.bamПизамская катастрофа ушла.