Samtools pysam mate

Я использую pysam для купли-продажи данных на.bam файлах. Я хочу проверить, есть ли у прочитанного сопоставленного помощника. Команда

mate = samfile.mate(read1)

выдает ошибку, если мат не отображается, так что если я делаю

if samfile.mate(read1): ...

это тоже выдает ошибку. Любой другой способ проверить, есть ли у чтения сопоставленное сопряжение?

Благодарю.

Источник

1 ответ

AlignedSegment.mate_is_unmapped должен работать для вас. Смотрите документы для Pysam

if not read1.mate_is_unmapped:
    mate = samfile.mate(read1)
    ...

В качестве альтернативы, вы можете просто перехватить исключение и двигаться дальше, но полагаться на обработку исключений для нормального выполнения программы не идеально.

Источник
Другие вопросы по тегам