Описание тега pubmed
PubMed - это бесплатная онлайн-база данных, имеющая доступ к базе данных MEDLINE, содержащей ссылки и рефераты по наукам о жизни и биомедицине. Тег pubmed может использоваться для решения проблем с запросами к базе данных через Интернет.
1
ответ
UnicodeDecodeError с использованием Biopython для получения реферата из efetch
В последнее время с помощью Biopython для извлечения некоторых рефератов из Pubmed. Мой код написан на Python3, как показано ниже: from Bio import Entrez Entrez.email = "myemail@example.com" # Always tell NCBI who you are def get_number(): #Get the …
21 мар '17 в 11:34
0
ответов
Систематический обзор: использование R/Python для извлечения всех результатов PubMed и импорта в Ref Manager (Zotero)
Новичок в стеке - дайте мне знать, если я делаю это неправильно. Я пытаюсь помочь другу извлечь все результаты PubMed из данного поиска (в идеале, из нескольких поисков) и поместить их в файл, который Zotero (или другой Ref Manager) может прочитать.…
30 июл '18 в 13:54
2
ответа
Разбор PubMed XML для отправки в базу данных mySQL (XML::Twig)
Я новичок в XML::Twig и пытаюсь разобрать итоговый выпуск PubMed XML 2.0 для помещения в базу данных mySQL. Я получил это далеко: #!/bin/perl -w use strict; use DBI; use XML::Twig; my $uid = ""; my $title = ""; my $sortpubdate = ""; my $sortfirstaut…
31 май '12 в 16:27
3
ответа
Использование Rentrez для анализа автора и принадлежности от опубликованных
Моя общая цель - построить граф сети соавторов. У меня есть список идентификаторов PubMed, и это единственные публикации, которые меня интересуют для построения графика сети соавторов. Я не могу понять, как собрать вместе имена авторов и соответству…
22 фев '17 в 17:56
0
ответов
Настройка данных для динамического моделирования тем
Я пытаюсь научиться динамическому моделированию темы (чтобы уловить семантические изменения в словах) из данных, удаленных из PUBMED. Я смог получить данные в виде xml, извлечь из него "абстрактный" текст и информацию о дате и сохранить их в формате…
02 дек '17 в 18:13
2
ответа
Как извлечь реферат из efetch (Biopython, Entrez)?
Я новичок в Python и хотел бы извлечь тезисы из опубликованных с использованием системы entrez из био пакета. Я получил esearch, чтобы дать мне мой UID (хранится в my_list_ges) и я также могу скачать запись, используя efetch. Теперь, однако, результ…
18 мар '16 в 15:02
0
ответов
Как извлечь авторов и ссылки из статей, используя Rentrez?
Я использую пакет RENTREZ, чтобы получить названия от авторов PubMed. Я сначала делаю резюме: papers_summary <- (entrez_summary(db = "pubmed", web_history = r_search$web_history)) Затем я пытаюсь найти авторов с помощью функции ниже, но мне не уд…
30 сен '18 в 20:59
1
ответ
Похожие опубликованные статьи через опубликованные API
Можно ли получить аналогичные опубликованные статьи с учетом pmid. Пример этой ссылки показывает аналогичные статьи на стороне прав.
28 июн '16 в 19:46
1
ответ
Фильтрация / доступ к дате в Био Энтрезе опубликовал тяги с питоном
У меня есть список критериев (имена и диапазоны дат, когда статьи были опубликованы), чтобы получить список опубликованных работ. Я использую Bio Entthon Bio Entrez, чтобы получить документы от Entrez. Я могу запрашивать и получать результаты по име…
01 июн '15 в 17:48
1
ответ
Pubmed возвращает неверные результаты XML?
Я использую JEUtils для извлечения и анализа результатов Pubmed в Java (это инструмент, который, похоже, заброшен). Так как несколько дней назад инструмент выдавал исключения в некоторых результатах, и после проверки кажется, что Pubmed не соблюдает…
11 окт '16 в 11:36
3
ответа
Как искать в PubMed или других базах данных, используя R
Я недавно использовал отличный rplos пакет, который облегчает поиск по статьям, размещенным в API публичной библиотеки науки (PLOS). Я наткнулся на загвоздку в том, что в самом API, похоже, есть некоторая недостающая информация, главная из которых з…
08 мар '14 в 07:57
0
ответов
Как прочитать многократный опубликованный абстрактный текстовый файл, используя функцию readabs pubmed.mineR
Я использую пакет R 'pubmed.mineR"пакет, который обеспечивает"gene_atomizationдля извлечения генов из опубликованных рефератов. но 'readabsФункция только для чтения одного текстового файла. file <- list.files(pattern = "txt$") abs <- readabs(f…
23 фев '19 в 08:37
0
ответов
Получение идентификаторов и заголовков PubMed: ошибка HTTP
Я написал код R для получения идентификаторов и названий Pubmed, используя название журнала, дату, объем, номер выпуска и номер страницы. Файл содержит такие строки, как AAPS PharmSci 2000 2 1 E2 AAPS PharmSci 2004 6 1 1-9 И вывод, который я хочу, в…
29 сен '16 в 13:02
0
ответов
Entrez (biopython): как ограничить поиск термина определенным журналом? (PubMed)
Я хочу получить все статьи в определенном журнале, которые связаны с определенным термином / темой. Я пытаюсь сделать это через PubMed с помощью пакета Entrez, содержащегося в Biopython.Соответствующий расширенный поиск PubMed: (тема / термин) И "На…
31 янв '19 в 17:21
1
ответ
Разбор результатов curl из запроса PubMed и форматирование их в цитату
Это дополнительный вопрос к этому вопросу. Та же идея: я извлекаю данные из PubMed как XML и использую curl для обработки этих результатов. Это позволяет мне собирать нужную мне информацию (список идентификаторов пабов) и использовать ее в качестве …
15 дек '16 в 16:06
0
ответов
Ruby Looping для динамической системы
Я новичок здесь, но мою проблему трудно объяснить, поэтому я сделаю ее максимально простой. Я должен сделать программу, которая ищет PubMed. Запрос получает несколько идентификационных номеров, которые ссылаются на статьи, и к этим статьям прикрепле…
09 апр '15 в 15:18
1
ответ
Скачать список всех опубликованных идентификаторов по дате (от-до)
Мне нужно автоматизировать сбор статей PubMed. Я нашел только примеры загрузки статей PubMed по запросу запроса и загрузки статьи PubMed по pmid. (ОДНА СТАТЬЯ) Но я думаю о том, чтобы загрузить СПИСОК идентификаторов PubMed по дате (от-до) или все и…
31 май '16 в 07:23
2
ответа
Получает ли efetch () Bio.Entrez все метаданные статьи PubMed?
Интересно, есть ли у Bio.Entrez 's efetch() извлекает все метаданные статьи PubMed, используя PMID в качестве входных данных. Под всеми метаданными я имею в виду, имеет ли PubMed больше метаданных, чем что efetch() извлекает. Например, я вижу, что д…
27 июн '16 в 04:42
1
ответ
Преобразование одного формата запроса в другой
Я в растерянности. Я пытался заставить это работать несколько дней. Но с этим я никуда не деться, поэтому я решил проконсультироваться с вами, ребята, и посмотреть, сможет ли кто-нибудь мне помочь! Я использую pyparsing в попытке разобрать один форм…
11 апр '12 в 20:14
1
ответ
Поиск, опубликованный в Biopython: "Невозможно установить соединение, поскольку целевая машина активно отказывала в этом" ошибка 10061
Я пытаюсь получить идентификаторы определенного набора ключевых слов из опубликованного с использованием следующего стандартного кода, import os from Bio import Entrez from Bio import Medline #Defining keyword file keywords_file = "D:\keywords.txt" …
07 июл '14 в 12:38